需要根据结石的大小来选择。对于结石直径小于等于6mm的输尿管上段结石，可以选择应用输尿管扩张的药物和排石药进行保守治疗。对于结石直径在6mm-1cm之间的输尿管上段结石，可以选择体外冲击波碎石进行治疗。
自发排石，对于较小的结石，可以通过多饮水，多运动促进结石排出，对于直径大于6毫米的结石，由于其直径大于输尿管内径，一般无法自行排出体外，往往需要进行体外震波碎石。
输尿管结石通常都是由肾结石，掉落下来而形成的。输尿管结石的临床症状是腰痛，肉眼血尿，典型的体征是肾区叩击痛。若输尿管结石小于六毫米，可以通过排石药物来进行治疗促进排石。若输尿管结石大于六毫米，小于1.5厘米，可以通过体外冲击波碎石。若是输尿管结石大于1.5厘米，可以选择手术来进行治疗，常用的手术方式是经尿道输尿管镜钬激光碎石术。
肾结石输尿管结石，均为上尿路的结石，根据结石的性质，形状，大小，部位不同，治疗方案是有很大差异的，如果结石比较小，小于0.6厘米，没有泌尿系的感染，没有泌尿系梗阻的情况，可以先口服排石汤等进行保守治疗，如果结石小于0.4厘米，90%是能够自行排出的。
输尿管结石的治疗方法有保守治疗、药物治疗以及手术治疗。小于5毫米的结石是可以通过多饮水、多运动排出体外的。对于大于5毫米的结石，则需要服用药物或者手术来治疗。
药物排石，尤其是对体积较小，并且对肾功能没有影响的结石。但是，它只是针对小的结石，像0.6cm以下，也有文献报道是1.0cm以下的，并且不能根本上清除输尿管内的结石，不像输尿管镜一样，可以进去以后把结石取出来，它只是一个排石作用，有它的排出率。