自发排石，对于较小的结石，可以通过多饮水，多运动促进结石排出，对于直径大于6毫米的结石，由于其直径大于输尿管内径，一般无法自行排出体外，往往需要进行体外震波碎石。
肾结石输尿管结石，均为上尿路的结石，根据结石的性质，形状，大小，部位不同，治疗方案是有很大差异的，如果结石比较小，小于0.6厘米，没有泌尿系的感染，没有泌尿系梗阻的情况，可以先口服排石汤等进行保守治疗，如果结石小于0.4厘米，90%是能够自行排出的。
输尿管结石通常都是由肾结石，掉落下来而形成的。输尿管结石的临床症状是腰痛，肉眼血尿，典型的体征是肾区叩击痛。若输尿管结石小于六毫米，可以通过排石药物来进行治疗促进排石。若输尿管结石大于六毫米，小于1.5厘米，可以通过体外冲击波碎石。若是输尿管结石大于1.5厘米，可以选择手术来进行治疗，常用的手术方式是经尿道输尿管镜钬激光碎石术。
如果结石的直径＜0.6cm，有一部分输尿管结石是可以排除体外的，如果结石＞0.6cm，建议进行体外碎石或者输尿管镜的手术。体外碎石也叫冲击波碎石，但是一定在B超或者X线能够把结石的位置明确以后，才可以进行碎石治疗。如果结石的位置不是很明确，可以微创手术，通过一个输尿管镜直视看到结石以后，通过激光或者气压弹道将结石击碎，然后排出体外。
药物排石，尤其是对体积较小，并且对肾功能没有影响的结石。但是，它只是针对小的结石，像0.6cm以下，也有文献报道是1.0cm以下的，并且不能根本上清除输尿管内的结石，不像输尿管镜一样，可以进去以后把结石取出来，它只是一个排石作用，有它的排出率。
输尿管结石的治疗方法有保守治疗、药物治疗以及手术治疗。小于5毫米的结石是可以通过多饮水、多运动排出体外的。对于大于5毫米的结石，则需要服用药物或者手术来治疗。