输尿管结石的治疗方法有保守治疗、药物治疗以及手术治疗。小于5毫米的结石是可以通过多饮水、多运动排出体外的。对于大于5毫米的结石，则需要服用药物或者手术来治疗。
孕期输尿管结石可以通过使用药物、一般治疗等方法进行处理。
输尿管结石一般是肾结石在排出过程中，暂时受阻在输尿管的狭窄处导致的，通常伴有明显的症状，如肾绞痛、血尿等，如果疼痛剧烈，需要进行解痉止痛，可以使用药物治疗，比如净石灵胶囊、肾石通颗粒等；如果结石不能够自行排出体外，建议去医院检查，然后在医生的指导下进行手术，帮助结石排出体外。
输尿管结石不会对妊娠产生多大的危害，但同时存在剧烈的疼痛，可能会出现流产、早产等方面的危险，此时应通过药物或手术进行治疗。
在妊娠早期，如果发现有输尿管结石，可以选择保守的方法。若发现有结石，但没有明显的临床表现，可以进行产后治疗，也可以采用适当的多喝水，同时采用健侧躺姿，以减少对病人的输尿管的压迫，以提高排泄效果。有明显的痛楚可以用来解痉止痛，如果是有感染的，可以考虑使用抗生素，但是在孕妇使用时要注意，因为有些药品会对孩子造成一定的伤害，对孩子的安全还不清楚，所以要慎重。如果不能进行保守疗法，就必须进行外科介入。在孕期如果有上述情况，一定要尽快去医院就诊，避免给自己和孩子带来的伤害。
及时的去医院做个肾脏彩超或者是尿路造影，有堵塞需要及时碎石或者手术取石治疗。输尿管结石肾积水，影响了新陈代谢，输尿管结石肾积水的治疗要根据结石大小、部位、数目、形状、一侧或两侧、有无尿流梗阻、伴有感染、肾功能受损程度。
结石是有可能会导致小便解不出来，主要的原因是结石卡在尿道里面将尿道完全的堵住，这种就属于比较严重的，需要及时的到诊室泌尿外科进行检查治疗。结石堵住尿道会导致小便解不下来，就会导致出现下腹部比较膨胀等临床症状。另外还有可能会导致双肾脏积水。当出现有这种，需要及时的选择手术治疗，将尿道打通，再保留导尿，可以缓解临床症状。
对于右侧输尿管结石治疗的原则是要及时的取出结石解除梗阻通畅，尿液引流缓解临床症状，减少肾功能的损害。可以通过体外冲击波碎石或者是输尿管镜碎石、取石手术等进行治疗。