治疗精子畸形可以考虑服用药物，改变生活习惯，减少有毒有害物质接触。要调整生活习惯，每天充足的休息，不能熬夜，忌掉抽烟喝酒以及远离辐射环境。平时加强体育锻炼，增强身体免疫力，可以使精子畸形得到改善。
畸形精子的治疗可以采用西医的方法，也可以采用中医的方法，采用中西医结合进行治疗，可能会有不错的治疗效果，男性病人不要过于着急，应该持续的进行治疗，治疗畸形精子所造成的不育症，要根据引发畸形精子的原因，消除畸形精子产生的不好的因素(如：药物、放射线、高温和酒等)，明确病因在进行有针对性的治疗。此外还要注意，若畸形精子达到了总数的70%，就需要进行染色体检查，万一有染色体病，治疗会比较困难。
提倡健康的饮食，积极的运动，有规律的生活，和经常用中药来调整体质，以避免男子内分泌功能低下，和体内某些相关激素分泌的不平衡现象，从而避免由此而造成得精子畸形率增高；同时，应积极预防和治疗慢性前列腺炎、精囊炎、尿道炎等生殖器炎症，以消除各种可能的致畸因素；此外，还应积极提倡戒烟、戒酒，防止可能致畸的各种理化因素对男性生殖器的不良刺激等。
一定要注意规律生活，严禁烟、酒及其他污染物质的摄入。注意培养自己良好的生活习惯，治疗上给予补锌、补硒和蛋白质。医学上建议男性通过锌、硒、蛋白质三效合一，改善精子质量和精子形态，减少畸形精致。
首先应先去当地的三甲医院去明确一下病因，因为每个人的情况不同，病的严重程度也不同，所以一定要去医院，制定专人的合理的解决方法，专病专治，才能达到最大的效果，最主要的还要养成良好生活习惯，不烟酒，不辛辣，不着凉，不久坐，不憋尿等。
