治疗精子畸形可以考虑服用药物，改变生活习惯，减少有毒有害物质接触。要调整生活习惯，每天充足的休息，不能熬夜，忌掉抽烟喝酒以及远离辐射环境。平时加强体育锻炼，增强身体免疫力，可以使精子畸形得到改善。
畸形精子的治疗可以采用西医的方法，也可以采用中医的方法，采用中西医结合进行治疗，可能会有不错的治疗效果，男性病人不要过于着急，应该持续的进行治疗，治疗畸形精子所造成的不育症，要根据引发畸形精子的原因，消除畸形精子产生的不好的因素(如：药物、放射线、高温和酒等)，明确病因在进行有针对性的治疗。此外还要注意，若畸形精子达到了总数的70%，就需要进行染色体检查，万一有染色体病，治疗会比较困难。
精子畸形的治疗可以分为日常治疗、药物治疗，严重者可以辅助生殖技术完成传宗接代。1、纠正日常不良的生活习惯，劳逸结合均衡营养、补充精子生成不可或缺的锌、硒、蛋白质等微量元素。2、口服维生素C和E抗氧化，加快纠正精子恢复正常形态；生殖系统炎症者，或感染溶脲脲原体的患者口服抗生素和四环素类药物治疗；3、严重畸形精子症患者，药物治疗没有效果可以实施辅助生殖技术。治疗期间避免辐射，高温环境，同时戒烟戒酒。
注意劳逸结合，防止过度疲劳，适当进行体育锻炼，跑步，打太极，打球尤其是加强盆腔肌肉的运动，避免长期久坐、骑自行车等。饮食注意，忌辛辣食物，忌烟酒，多吃水果蔬菜，饮食营养丰富，养成良好的生活习惯，增强抗病能力。
含硒高的食物。男性体内的硒有20%——40%集中在生殖系统，它参与了男性睾酮的合成和运载活动，帮助提高精子活力以及受精等生殖活动，硒还是影响精子生产和代谢的一系列酶的重要组成，男人缺硒可致精子生成不足、精子活性变低、精子出现畸形等。
