治疗精子畸形可以考虑服用药物，改变生活习惯，减少有毒有害物质接触。要调整生活习惯，每天充足的休息，不能熬夜，忌掉抽烟喝酒以及远离辐射环境。平时加强体育锻炼，增强身体免疫力，可以使精子畸形得到改善。
畸形精子的治疗可以采用西医的方法，也可以采用中医的方法，采用中西医结合进行治疗，可能会有不错的治疗效果，男性病人不要过于着急，应该持续的进行治疗，治疗畸形精子所造成的不育症，要根据引发畸形精子的原因，消除畸形精子产生的不好的因素(如：药物、放射线、高温和酒等)，明确病因在进行有针对性的治疗。此外还要注意，若畸形精子达到了总数的70%，就需要进行染色体检查，万一有染色体病，治疗会比较困难。
注意劳逸结合，防止过度疲劳，适当进行体育锻炼，跑步，打太极，打球尤其是加强盆腔肌肉的运动，避免长期久坐、骑自行车等。饮食注意，忌辛辣食物，忌烟酒，多吃水果蔬菜，饮食营养丰富，养成良好的生活习惯，增强抗病能力。
含硒高的食物。男性体内的硒有20%——40%集中在生殖系统，它参与了男性睾酮的合成和运载活动，帮助提高精子活力以及受精等生殖活动，硒还是影响精子生产和代谢的一系列酶的重要组成，男人缺硒可致精子生成不足、精子活性变低、精子出现畸形等。
精子畸形要看是全部畸形，还是少数畸形，每个人的精子都有一定数量的畸形，只要不影响生育，就没有必要治疗。要改掉不良的生活作息习惯，少抽烟，少喝酒，少熬夜，性生活不要过度频繁，尽量不要久坐。
应该及早到正规的不孕不育医院进行确诊然后对症治疗，因为畸形高怀孕的几率会很低，而且不能保证宝宝不受影响，不要骑自行车之类的了，穿有一定弹性吸汗的内裤，宽松的外裤尽量多走路多锻炼身体。