部分孩子可以出现一些轻度的不良反应，比如轻度的发热，孩子情绪不稳定，腹泻等，但是很快会逐渐的消失。如果症状比较明显，应该及时的到医院进一步的检查，排除有没有其他的问题。
新生儿接种乙肝疫苗需要在第一天接种第一针，第二针在30天内打第二针，180天打第三针。
现在普遍认为三次乙肝疫苗能够促进人体的免疫，从而降低乙肝病毒的感染几率，降低母亲的垂直传播的危险。不过，接种了乙型肝炎疫苗并不意味着就能得到保护的抗体，而保护性抗体的生成与自身的免疫力有关，因此需要在一周岁左右做一次血液检测，检测到乙肝两对半，以确定是否得到了保护的抗体，如果乙肝表面抗体为阴性则需要进一步接种。
打完乙肝疫苗后可能会出现发烧的症状，一般2-3天后自行治愈，如果发烧较重也可对症使用退烧药物，还有就是注射部位红、肿、热、痛，不需特殊处理，一周左右自行吸收，如果较严重要到医院进行处理，注意接种疫苗后局部不要碰水。
新生儿乙肝疫苗接种后会出现瘙痒、红肿或伴有轻度疼痛、小硬结，这是局部皮肤反应，全身反应，可以出现发热，多数为低热，也有少数出现高热，通常一天内消退。还有的出现疲劳感。
打完乙肝疫苗的反应通常为皮肤瘙痒、皮疹等。
乙肝疫苗在正常情况下可以维持约12年左右，能刺激身体产生针对乙型肝炎的保护性抗体，从而避免和减少被感染乙肝病毒的风险。部分人如果对乙肝疫苗过敏，可能会出现皮肤瘙痒、皮疹等情况，还可能会出现恶心、呕吐、腹泻等胃肠道的反应，一般不需要使用药物进行治疗。平时注意休息，避免搔抓皮肤即可。
注射乙肝疫苗不影响怀孕，乙肝疫苗安全性很高，注射疫苗之后，机体可发生免疫反应，产生保护性抗体，对卵细胞及重要脏器功能不会造成较大影响。注射疫苗与怀孕互不干扰，互不影响，注射疫苗后可以怀孕。
