阴道毛滴虫病容易交叉感染，反复发作。治疗时要夫妻同治，期间尽量避免同房。可以外用及口服联合治疗。一疗程结束后，于下次月经干净后复查白带。内裤及洗涤用毛巾应煮沸5-10分钟进行消毒。
阴道毛滴虫病潜伏期为4-28天，阴道粘膜有红色小颗粒或瘀点。阴道毛滴虫病可以使用抗菌消炎的栓剂塞入阴道深处，使药效直接作用于病灶，还可以采用通经活络中药洗液熏洗阴部，有效的杀虫，止痒。
阴道毛滴虫病一般要求是夫妻双方同时接受治疗。可以服用抗生素药物，可以改变阴道的酸碱度，还能使用抗菌消炎的栓剂塞入阴道深处，使药效直接作用于病灶，有效控制炎症。
通常来说，滴虫性阴道炎和霉菌性阴道炎都很严重。
如果患者感染滴虫性阴道炎和霉菌性阴道炎，都会危害身体健康，甚至导致不孕，建议患者在医生指导下科学规范的治疗。滴虫性阴道炎患者可以口服灭滴灵，阴道用甲硝唑阴道泡腾片治疗。霉菌性阴道炎可以口服治霉菌素片，阴道用达克宁栓来治疗。另外，治疗期间都需要禁止性生活。
阴道毛滴虫长期存在于阴道内，消耗或吞噬阴道上皮细胞内的糖原，有可能引起阴道细胞发育异常，诱发癌前期病变阴道毛滴虫病对身体的伤害有是让人难受及疼痛。可以采用中医治疗或者局部治疗。并增强阴道防御能力。