下丘脑中有一些细胞不仅能传导兴奋，而且能分泌激素。这些激素的功能是促进垂体中激素的合成和分泌。例如，下丘脑分泌的促性腺激素释放激素，能够作用垂体合成和分泌促性腺激素。因此，下丘脑是机体调节内分泌活动的枢纽。
下丘脑性闭经是闭经当中最复杂的一种。除了治疗相应的原发病因以外，根据病者体内的雌激素水平和是否生育的要求，可以采取治疗。如果有生育要求，应该积极的诱导排卵，可以使用氯米芬促性腺激素，如果对无生育的雌激素水平低下的下丘脑性闭经，主要是以补充性激素为主。另外还可以用中医的疗法，中医是用补肾和活血来治疗下丘脑性闭经。治疗血虚、肾亏所引起的闭经，可以使用食物汤，或者根据症状的加减来进行治疗。
功能性下丘脑闭经的患者可以使用药物进行治疗。如果生育愿望比较强烈，可以通过促排卵治疗来促进怀孕。诱导排卵的药物有尿促性素、溴隐亭、氯米芬等。功能性下丘脑闭经是由于下丘脑功能障碍分泌促性腺激素释放激素减少，对没有生育要求的患者而言，如果没有症状是不需要进行治疗的。如果患者症状比较明显，可以通过补充外源性的雌激素和孕激素来治疗，常用药物有屈螺酮炔雌醇片屈螺酮炔雌醇片(Ⅱ)。
下丘脑功能失调的症状有中枢性尿崩症，可出现机体水代谢紊乱。体温调节障碍，散热机制损伤，产热机制受到损伤，可表现出体温明显低于正常。摄食异常，有些可出现食欲亢进，有些则表现为缺乏食欲。睡眠障碍，可出现过度睡眠、嗜睡、发作性睡眠综合症，严重时可出现昏迷，还可表现为生殖与性功能障碍以及自主神经功能障碍。
有一些性激素水平异常也有可能是由于下丘脑的病变引起来的，治疗方面主要是根据相应的激素水平来进行治疗，另外就是针对病因的治疗，比如有下丘脑肿瘤可以采取手术放疗或者是化疗。
下丘脑疾病的诊断分为功能性诊断和病因的诊断。
功能性检查就是评价下丘脑参与的一些靶器官是否正常工作，另外还要判断哪些导致下视神经疾病。原因学上诊断有以下几类。首先是核磁共振等检查，如头部X光片可发现扩张迹象，如氨基细胞扩张、胺倍体后床突吸收及损伤、鞍区病理钙化等。必要时可做CT、CT、MRI等检查，明确颅内病变的部位，特别是垂体柄变，最好通过MRI进行CT检查。
