通常情况下，巧克力囊肿和子宫腺肌症可以通过药物、手术等来治疗。具体分析如下：
巧克力囊肿是子宫内膜异位到卵巢后，内膜增生形成的囊肿，囊肿内有血瘀如同巧克力糊状。巧克力囊肿可以口服雌激素治疗，减少内膜增生，缩小囊肿，还可以在宫腔内放置节育环，释放孕激素，抑制囊肿生长。还可以通过巧囊切开引流术，彻底清除病灶。
子宫腺肌症是子宫内膜生长到了子宫的肌层，一般应用芬必得等非甾体抗炎药来缓解痛经，然后进行腺肌症病灶切除术。
因为卵巢巧克力囊肿手术之后具有复发性，如果在临床上计划怀孕，建议手术之后尽快准备怀孕；如果还没有计划怀孕，术后要给予继续治疗三个月到半年的时间，主要是避免复发。
子宫内膜异位卵巢巧克力囊肿可以怀孕，但是怀孕的几率比较低。如果巧克力囊肿的周围没有粘连，输卵管通畅，卵巢有排卵，就能够怀孕。如果巧克力囊肿形成的时间较长，囊肿内反复出血，输卵管卵巢周围粘连严重，输卵管伞端粘连包裹，输卵管不通畅，就不能够怀孕。
巧克力囊肿破裂后应立即就医，通过手术进行治疗。
巧克力囊肿破裂是子宫内膜异位症的一种病变。正常情况下，子宫内膜生长在子宫腔内，受体内女性激素的影响，每月脱落一次，形成月经。如果月经期脱落的子宫内膜碎片随经血逆流经输卵管进入盆腔，种植在卵巢表面或盆腔其他部位，形成异位囊肿，即巧克力囊肿。通常巧克力囊肿破裂后，应立即就医，通过根治性手术进行治疗，并辅以药物治疗。
如在切除子宫得同时，还有卵巢巧克力囊肿，需同时囊肿核除。切除子宫后巧克力囊肿还会复发的，一般巧克力囊肿的情况还是有复发的可能的，建议手术后配合药物预防反复的情况。
巧克力囊肿很难治好。卵巢巧克力囊肿通过手术的方式可以治疗，但是由于卵巢巧克力囊肿是因为具有活性的子宫内膜细胞种植在卵巢上，而引起周期性的出血所造成的。所以巧克力囊肿在术后复发率非常高，为了避免复发，在术后要应用药物3个月到半年的时间。
