如在切除子宫得同时，还有卵巢巧克力囊肿，需同时囊肿核除。切除子宫后巧克力囊肿还会复发的，一般巧克力囊肿的情况还是有复发的可能的，建议手术后配合药物预防反复的情况。
这种疾病会影响自己的生育功能，要先去医院做手术来治疗，药物治疗效果不是很明显，如果做完手术的话，需要修复半年左右的时间。平时一定要注意自己的个人卫生，饮食要多吃蔬菜水果，不要吃油性食物，每天要适当的坚持锻炼身体。
卵巢巧克力囊肿是指子宫内膜异位症引起的卵巢囊肿，这种疾病本身就对怀孕有一定的影响，手术后反而对怀孕是有帮助的，一般在术后半年内备孕。然后就可以制定自己的生育计划了。
巧克力囊肿手术后一般是不会有软泡的。术后要早活动。术后早活动的目的是防止盆腔的粘连，术后当天就可以下床活动两小时左右，术后第一天可以适当的增加下床活动的时间。如果没有牵扯到肠道，术后可以早进食。术后当日可以少量多次的饮水，术后第一天可以清淡的流质饮食，排气之后逐渐由半流质到普通饮食。
巧克力囊肿的复发几率还是非常高的。在临床上，如果巧克力囊肿的病人术后没有给予相应的干预，绝大多数都会出现复发的情况。主要是因为巧克力囊肿由具有活性的子宫内膜细胞种植在卵巢，才引起的这种囊肿，手术很难把这种活性细胞完全根除掉，所以就会复发。
巧克力囊肿术后是可以正常怀孕的。卵巢巧克力囊肿切除术后，应该定期进行超声检查，巧克力囊肿有复发的可能。一般三个月或是半年如果没有异常，就可以备孕的。手术可以采用微型电子腹腔镜下卵巢囊肿剥离术，是治疗卵巢囊肿较好的技术。