巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种病理表现形式，即子宫内膜正常应该在宫腔内，但是有一部分内膜异位到卵巢，所以巧克力囊肿里面都是血液，子宫内膜异位不容易怀孕，囊肿小可以行中医治疗，囊肿大建议行西医治疗。
巧克力囊肿很难治好。卵巢巧克力囊肿通过手术的方式可以治疗，但是由于卵巢巧克力囊肿是因为具有活性的子宫内膜细胞种植在卵巢上，而引起周期性的出血所造成的。所以巧克力囊肿在术后复发率非常高，为了避免复发，在术后要应用药物3个月到半年的时间。
巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种病变。虽然是良性疾病，却有增生、浸润、转移及复发等恶性行为。可采用药物、手术治疗（保守性）。迄今为止，除彻底性手术外，尚无一种理想的治疗方法。
腹腔镜手术一定会对卵巢有很大的伤害，不到最后千万不要选择手术，而且手术后试管的成功率会比术前的低，因为术后卵巢功能不行，促排都取不到什么卵子的。发现自已得了巧囊，不要急，下个月来姨妈再复查一下，如果真是巧囊，先看大小，没到手术指标，就去看中医，吃中药调理备孕。
可以用一些药物进行治疗，出现痛经，考虑跟巧克力囊肿有关系，在医生指导下用一些药物进行调理，具体能否治好，现在还不能确定。建议在医生指导下进行调理，平时在生活方面也要注意多喝水，多吃青菜，少吃生冷辛辣的食物，注意腹部的保暖，三餐要规律，定期做好复查。
巧克力囊肿最常见的症状就是痛经，最常用的治疗方式就是药物治疗和手术治疗术后一个月内不要有性生活不要吃辛辣刺激性生冷的食物不要洗盆浴，以纯棉透气好的内裤为主要多注意局部卫生，平时精神压力不要过大多注意休息。