巧克力囊肿与中医的气滞血瘀有关，与宫寒，或是湿热的炎症引起的血瘀有关，需要中医把脉或四诊辨证检查诊断，进行治疗，主要是以活血化瘀，把巧克力囊肿消散掉，或是使月经调顺，月经正常，经来不痛。
巧克力囊肿的复发几率还是非常高的。在临床上，如果巧克力囊肿的病人术后没有给予相应的干预，绝大多数都会出现复发的情况。主要是因为巧克力囊肿由具有活性的子宫内膜细胞种植在卵巢，才引起的这种囊肿，手术很难把这种活性细胞完全根除掉，所以就会复发。
巧克力卵巢囊肿可采用的腹腔镜微创术治疗卵巢囊肿卵，手术治疗包括腹腔镜手术和开腹手术，可行囊肿剥离术加卵巢成形术，不需要生育的，行半保守手术，即全子宫切除加患侧附件切除术。
巧克力囊肿是否影响怀孕要根据病情的严重程度。
巧克力囊肿是子宫内膜异位症的常见类型。患巧克力囊肿可能会影响怀孕。患巧克力囊肿会影响到卵巢功能，影响排卵。盆腔以内粘连也常伴随巧克力囊肿往往发生，导致输卵管功能障碍。
若巧克力囊肿较小，痛经不明显，可尝试怀孕，能够正常怀孕的情况下暂时不用治疗巧克力囊肿。若产期不能怀孕且排除了其他导致不孕不育的因素，则不孕可能是巧克力囊肿引起的，建议及时就医，通过药物治疗或手术治疗巧克力囊肿。
健康孕妇吃适量巧克力不成问题。
若血糖正常、体重处于理想范围内、早孕反应较重，巧克力就是补充碳水化合物的绝佳食品。怀孕期间如有血糖、血脂异常则忌巧克力。
患者需要注意的是，如果怀孕期间体重增加过快或怀孕前体重增加较多，则宜少吃巧克力。主要是因为巧克力含有大量碳水化合物，对血糖血脂代谢有一定影响，有利于体重增加。
