耐药性肺结核的治疗难度较大，对于耐药性的肺结核来说，首先需要做结核菌的药敏试验，药敏试验选择用药，需要选择一线和二线的抗结核药物。药物的品种会比较多，是6种左右，疗程也比较长，需要18到24个月，甚至更久。在结核治疗的过程中，需要注意休息，加强营养，提高自身的免疫力，并且需要定期的复查肺部CT评估抗结核的疗效。
肺结核耐多药病人需要治疗18~20个月，才能达到一定的效果，至少需要联合5种以上的有效抗结核药物。2016年WHO可以的耐多药肺结核治疗方案为，强化近4个月，（若痰涂阳性，延长至6个月），巩固期为5个月。
发生耐药肺结核时，需根据药物敏感试验选择用药，尽量选择一线药物，因二线药物毒性大，治好率仅能达到50-60%。耐药肺结核的治疗也需秉承早期、联合、适量、规律、全程的原则，根据病人的不同情况，选择合适的方案，进行个体化治疗。
一般情况下，肺结核是否具有传染性并不取决于它是否具有抗药性，而是取决于它是否具有开放性。具体情况分析如下：
耐药肺结核又称为耐药性肺结核，说明肺结核患者对治疗结核病的药物产生耐药性，分为原发性和继发性耐药两种。肺结核是一种通过呼吸道飞沫传播的疾病，肺结核患者痰中带菌，咳嗽或大声说话会传染给他人。肺结核患者的飞沫或痰液中不含结核杆菌，一般不会传染。
肺结核住院不是免费的，在当地的疾控部门，在疾控中心可以免费的做胸片以及痰找抗酸杆菌的检查，诊断为肺结核，则免费的发放抗结核的药物，以及以后定期的复查也是免费的。
