该药的副作用包括以下几方面，首先长期注射黄体酮可能会引起胎儿畸形，例如造成女性胎儿男性化或者增加脊柱裂的风险，其次打黄体酮可能会造成水钠潴留，引起孕妇体重增加，组织水肿。然后打黄体酮可能会引起患者头晕以及恶心呕吐，主要是由于黄体酮有舒张颅脑血管以及刺激胃肠道的作用。
黄体酮是属于孕激素，有维持妊娠继续的作用，尤其在怀孕70天内，如果过量使用，可能引起男性胎儿有一定女性化倾像，女性胎儿阴道腺疾病增加，普通使用不会导致这些副作用的。要多注意休息不能劳累。
怀孕期间血清检查如果孕酮偏低的话需要补充黄体酮积极保胎治疗，黄体酮其实就是孕酮这种激素，使用黄体酮没有副作用，保胎期间，还需要尽可能卧床休息，保持心情舒畅。食作息规律，暂时避免性生活。
黄体酮胶囊属于孕激素，也属于保胎药。在怀孕初期的时候，女性可以通过服用黄体酮，降低妊娠子宫对缩宫素的敏感性，来缓解黄体功能不足，孕激素下降导致的出血、腹痛的先兆流产等症状，如果出血十分明显，可以服用黄体酮胶囊和维生素e，达到保胎的效果。另外黄体酮胶囊不良反应比较小，只有极少数服用者会出现头晕、恶心等症状。
打该药屁股疼是正常现象，因为该药剂是油性的，不溶于水，注射后容易在肌肉局部形成硬结引起疼痛。局部用毛巾热敷，也可以用土豆片外敷，可以促进药物吸收，可以改善疼痛症状，打针后注意针眼局部卫生，避免感染，以免引起局部红肿，如果出现红肿，可能是有感染引起的，局部外擦消炎药，不要吃辛辣刺激的食物等。
