初期肛周脓肿治疗去做肛门指诊检查，肛镜检查等。查找病因对症治疗。生活中注意调养，按时作息，少熬夜，多喝水，多吃新鲜的水果和蔬菜，忌食辛辣等刺激性食物，保持大便通畅。
肛周脓肿应该使用抗生素，一般都是应用，革兰氏阴性杆菌的抗生素，温水坐浴，理疗烤电。手术切脓肿切开引流是治疗的最主要的办法，诊断明确就应该切开。肛周脓肿又叫直肠肛管周围脓肿是指，直肠肛管周围的软组织或间隙发生的化脓性炎症。脓肿是急性期的表现，肛瘘是慢性期的表现。
单纯性脓肿的治疗，可在截石位或侧卧下，用局麻或腰麻，在脓肿部位做放射状切口，放出脓液后，伸入食指探查脓腔大小，分开其间隔。必要时将切口边缘皮肤切开少许，以利引流，脓腔与肛瘘相通的脓肿可在切开脓肿后，用探针仔细检查内口，然后切开瘘管，适当切除皮肤和皮下组织，内口周围组织也稍加切除，使引流通畅。如内口较深，瘘管通过肛管括约肌，可采用挂线疗法。以上手术优点是脓肿一期治好，不再形成肛瘘。
肛周脓肿术后创面都会比较大，所以术后创面的分泌物比较多以及容易出血，而且疼痛也特别的明显。对此建议先让病人排便，排便时间不能太久以及过度用力。排便后用清水冲洗下肛门部位。
肛周脓肿保守治疗是以抗生素治疗为主，可以口服抗生素，如果消炎药物治疗效果不好，有的需要手术切开引流，后期形成肛瘘后行二次手术，平时饮食清淡，少吃辛辣食物以及烟酒。避免就蹲久坐久站，保持大便通畅，排便后清洗肛门，相关药物坐浴，定点定时排便。
肛周脓肿术后的护理主要应注意以下几点：首先，伤口出血，因术后创面易渗血或者结扎线脱落而引起出血，注意术后不能用力活动并防止受压。其次，换药很重要，避免形成瘘管。再者，术后给予2～3天内吃一些半流质饮食，如牛奶、果汁等。最后，术后排便，注意是否有排便困难，要及时处理，排便后应更换敷料或者温水坐浴，以防止感染。
