单纯性脓肿的治疗，可在截石位或侧卧下，用局麻或腰麻，在脓肿部位做放射状切口，放出脓液后，伸入食指探查脓腔大小，分开其间隔。必要时将切口边缘皮肤切开少许，以利引流，脓腔与肛瘘相通的脓肿可在切开脓肿后，用探针仔细检查内口，然后切开瘘管，适当切除皮肤和皮下组织，内口周围组织也稍加切除，使引流通畅。如内口较深，瘘管通过肛管括约肌，可采用挂线疗法。以上手术优点是脓肿一期治好，不再形成肛瘘。
肛周脓肿，在各大城市三甲医院都可以治疗，如果已经出现肛周的脓肿，一般的治疗方法就是手术治疗，局麻下给予手术切开引流脓肿，将脓肿里的脓液排出，减轻肛周的疼痛、肿胀感。对脓肿内给予消毒，用碘伏、双氧水冲洗，之后放入药条，每天进行常规的换药，使脓肿能够逐渐的减小。根据肛周脓肿的病因，再进行下一步的治疗，多数都是肛瘘引起的，可能需要再次切除肛瘘。
对于肛周脓肿，西医常用的是抗生素，可以通过口服或者静脉点滴来进行治疗。
对于肛周脓肿，可以在浅浅的地方涂抹，如果是在皮肤比较浅的地方，那么就可以进行手术。反之，局部脓肿不是消失，而是扩大，或者是软化，就是已经形成了脓液，可以通过切口排脓。对于小儿肛周脓肿，父母要立即送到正规的医疗机构进行正确的处理，以促进病情的好转。上述药品需要在医生的指导下服用。
要及时的去医院接受正规的手术治疗，不要自己乱买药物给小孩服用，要听从医生的嘱咐去治疗。注意营养合理，食物尽量做到多样化，多吃高蛋白、多维生素、低动物脂肪、易消化的食物及新鲜水果、蔬菜，不吃陈旧变质或刺激性的东西，主食粗细粮搭配，以保证营养平衡。
肛周脓肿是由复杂的原因引起的，直肠周围的钢管或软组织以及周围空间的细菌感染。还应该注意个人卫生。目前，注意个人卫生，少吃刺激性食物。还要养成一个良好的排便习惯。
肛周脓肿微创手术可以选择局部麻醉，蛛网膜下腔麻醉或者全身麻醉。对于肛周脓肿较小，配合度高的人，可以选择局部麻醉。局部麻醉不能耐受手术，近期无凝血功能异常易出血倾向，无休克症状，无全身感染症状，可以选择蛛网膜下腔麻醉。