通常情况下，巧克力囊肿和子宫腺肌症可以通过药物、手术等来治疗。具体分析如下：
巧克力囊肿是子宫内膜异位到卵巢后，内膜增生形成的囊肿，囊肿内有血瘀如同巧克力糊状。巧克力囊肿可以口服雌激素治疗，减少内膜增生，缩小囊肿，还可以在宫腔内放置节育环，释放孕激素，抑制囊肿生长。还可以通过巧囊切开引流术，彻底清除病灶。
子宫腺肌症是子宫内膜生长到了子宫的肌层，一般应用芬必得等非甾体抗炎药来缓解痛经，然后进行腺肌症病灶切除术。
对于子宫腺肌症的病人，常常会导致在月经期出现明显的痛经症状，这时只能服用止痛药来进行对症止痛，比如常用的药物、药物以及药物等，必要的时候也可以通过针灸和贴耳穴来进行止痛。但要治好子宫腺肌症，单纯使用止痛药是没有太大意义的，对于年纪比较轻，暂时没有生育要求的女性，可以在宫腔内放置药物环来进行调理。
患有子宫腺肌症和巧克力囊肿，只能说自然受孕的可能性小。应在医生的指导下做相关的检查，如果准备怀孕了，也做b超监测卵泡发育情况，直至观察到排卵，然后在医生的指导下安排同房时间。
巧克力囊肿很难治好。卵巢巧克力囊肿通过手术的方式可以治疗，但是由于卵巢巧克力囊肿是因为具有活性的子宫内膜细胞种植在卵巢上，而引起周期性的出血所造成的。所以巧克力囊肿在术后复发率非常高，为了避免复发，在术后要应用药物3个月到半年的时间。
如在切除子宫得同时，还有卵巢巧克力囊肿，需同时囊肿核除。切除子宫后巧克力囊肿还会复发的，一般巧克力囊肿的情况还是有复发的可能的，建议手术后配合药物预防反复的情况。
如果做手术的时候保留了卵巢，就有可能会出现长的。巧克力囊肿之所以出现，是子宫内膜异位造成的。如果囊肿大于五厘米，就容易发生扭转，破裂或者感染，那就需要手术治疗了。
