长期的体外冲击波碎石可能造成输尿管粘连或者肾脏纤维化，造成肾功能损害或者输尿管狭窄、粘连等。同一部位反复碎石有可能造成输尿管损伤或肾脏损伤，患者出现肉眼血尿或者腹痛症状。体外冲击波治疗较大的结石，可能会产生石阶，导致患者输尿管完全梗阻。体外冲击波碎石治疗时可能因随呼吸活动而定位不准。
体外碎石可以住院，也可以不住院。这要看结石的大小，或者是病人的情况。如果病人是比较年轻的，身体状况比较好的，石头也比较小，可以不需要住院。如果病人身体本来就不是很好，或者是有高血压、糖尿病或者心脏病对体外碎石风险比较高。
体外碎石对肾脏有伤害，肾脏损伤是体外冲击波碎石较为严重的并发症，损伤之后形成的疤痕，可导致永久性肾单位损失，并可导致一系列长期的不良反应，主要表现为肾实质损伤及包膜下血肿，肾盂破裂，肾单位永久性损失弥漫性纤维化瘢痕，完全性肾乳头坏死，甚至不可逆的急性肾功能衰竭。
体外碎石后一般需要休息三到五天，体外冲击波碎石手术后一般容易出现血尿。腹膜后的一个血肿，通常来说出现血尿是一个正常的现象。因为结石被击碎后，随着输尿管排出体外可能会导致输尿管壁的损伤，出现血尿，一般不需要做特殊处理。结石排出后血尿自然会停止出现。
体外碎石不会影响身体健康的，多喝水增加尿量，勤排尿，多运动，可以蹦蹦跳跳，爬楼梯，有利于促进排石。要注意忌食高胆固醇的食物，同时应减少抽烟饮酒，少食吃肉食，避免吃过咸及肥腻食物。少吃草酸多的食物。
