肺炎衣原体感染后，一般会出现高热、白细胞增多、C反应蛋白升高等症状，但主要表现为咳嗽、咳痰或有少量粘痰。如果是胸闷、气急的患者，可以服用大环内酯药物，病情比较重，特别是肺脏比较大的患者，可以通过静脉注射大环内酯类药物，红霉素、阿奇霉素有是静脉制剂。另外，成人还可以服用左氧氟沙星、莫西沙星等喹诺酮类的药物，如果病情严重的，可以通过静脉给药。在进行抗菌药物的同时，还要配合使用解痉平喘、止咳化痰等药物，多喝水，多休息，不要吃辛辣的食品和其他的化学成分。
衣原体感染一般需要做药敏实验，选用敏感的抗生素，治疗疗程2周平时注意卫生和清洁，多喝水，还有衣原体感染是可以通过性接触传播，所以未治疗之前禁止性生活，防止交叉感染，治疗结束要复查的结果3次以上转阴才视为好转，同时性伴侣也要检查有问题及时治疗。
等支原体的报告出来后再用药，因为在支原体的报告中会有药敏试验的结果。这两种是可以用同样的药治疗，选择敏感度高的药物，经输液和口服药是能治好的，平时要多注意卫生在治疗期内一定要禁房事。会经性接触传染。
衣原体感染患者可以用中药妇炎丸，也可以用一些阿奇霉素类的药物治疗。感染期间不要同房，及时勤换洗内裤，衣物放在太阳底下晒，家庭中做好必要的隔离，浴巾、脸盆、浴缸、便器等分开使用。
衣原体前列腺炎是由于原体感染导致的。找到病原体之后可以选择敏感的抗生素消炎治疗。去医院进行治疗，积极配合治疗，谨遵医嘱服药。同时再加上生活习惯以及饮食习惯的纠正，注意休息，保持内裤清洁。
一般情况下，新生儿衣原体感染的治疗方法有，使用药物、日常护理等。具体内容如下：
1.使用药物：家长应及时带新生儿前往正规医院就医，在医生指导下使用红霉素软膏、阿奇霉素片、利福平滴眼液等药物进行治疗。
2.日常护理：家长还应注意新生儿的日常护理，保证新生儿的清洁卫生，还应给新生儿准备充足的母乳或奶粉，改善生活环境，促进新生儿的身体恢复。
