如果是肺炎或肺结核病人，它本身就有发烧症状，做过气管镜以后出现发烧也是正常现象，需要对症治疗，支气管镜检查后，容易诱发内生性致热原的释放，病人也会出现发烧症状，病人如果是低烧，可以多喝一些温开水加快新陈代谢，也可以适当服用解热镇痛的药物，一般很快恢复正常。
气管镜的副作用，常见的是咳血，因为气管镜插入不当或操作粗暴、剧烈咳嗽等原因，而造成气管壁创伤性的出血所致。低氧血症，气管镜的操作过程中易发生刺激喉、气管的痉挛诱发呼吸困难，而表现为缺氧的状况。
肺结核是呼吸道常见的传染性疾病，气管镜是诊断肺结核非常常用，也是非常重要的一种方法。但是，仅仅依靠气管镜还不能完全的诊断肺结核，还需要结合一些其他的检查来进行综合分析和判断。
肺部有疾病，呼吸费力和呼吸道堵塞可以做气管镜，气管镜检查可以直观的查看呼吸道内有无粘膜增生、破溃、糜烂、异物等情况，进行纤维支气管镜检查是需要有一定指征的。
麻醉风险：在治疗过程中可能出现麻醉意外，以及偶尔麻醉以后会出现后遗症等；呼吸困难：因为儿童在进行检查过程中不配合，容易出现喉头水肿，引起呼吸困难；低氧血症：部分高反应性的患儿，会出现严重支气管痉挛，导致严重低氧血症，危及患儿生命。
中央型肺癌可以通过支气管镜确诊，周围型肺癌需要通过超声支气管镜，如附有电磁导航的支气管镜取活检进行病理诊断。通过支气管镜还能检查的疾病包括肺部感染患者、支气管内膜结核患者、异物误吸患者、气管狭窄患者等。
