麻醉风险：在治疗过程中可能出现麻醉意外，以及偶尔麻醉以后会出现后遗症等；呼吸困难：因为儿童在进行检查过程中不配合，容易出现喉头水肿，引起呼吸困难；低氧血症：部分高反应性的患儿，会出现严重支气管痉挛，导致严重低氧血症，危及患儿生命。
有副作用，麻醉风险:治疗期间可能发生麻醉事故，偶尔麻醉后可能出现后遗症等。呼吸困难:由于儿童在检查过程中不配合，容易出现喉头水肿，造成呼吸困难；低氧血症:一些高度反应性的儿童会遭受严重的支气管痉挛。
儿童做支气管镜的危害有麻醉风险、呼吸困难、缺氧等。小儿支气管镜一般不会配合，一般会有以下几种危险因素：
1、麻醉风险：麻醉时有可能发生麻醉事故，有时麻醉后会有后遗症。
2、呼吸困难：由于孩子不配合检查，会导致咽喉水肿，呼吸困难。
3、缺氧：一些具有高度反应能力的儿童，可发生严重的支气管痉挛，造成缺氧，甚至有生命危险。
支气管镜是现在经常用于检查支气管以及气管病变的一种十分常用的方法，在做这种检查的时候，可能会稍微感觉到有一些痛苦，但是一般都在承受范围之内。除了疼痛没有危害。
支气管镜检查是指将支气管镜经过口腔，或者鼻腔通过声门放入支气管的下呼吸道，观察气管和支气管的病变。支气管镜可以分为硬质支气管镜和软性支气管镜。可以检查支气管，细支气管腔内的病变，像支气管内结核，肿块，中心性肺癌。还可以观察周围型肺包块结节，检查支气管腔外病变，其他还可以经支气管镜活检，做支气管肺泡灌洗术等。
通过支气管镜检查，可以有以下作用，不明原因之咳血，不明原因声音沙哑者，不明原因横膈上升者。肺癌诊断及分期的依据，利用支气管镜做切片以得到组织诊断。良性支气管病变之诊断。诊断弥漫性肺部疾病。