气管镜的副作用，常见的是咳血，因为气管镜插入不当或操作粗暴、剧烈咳嗽等原因，而造成气管壁创伤性的出血所致。低氧血症，气管镜的操作过程中易发生刺激喉、气管的痉挛诱发呼吸困难，而表现为缺氧的状况。
气管镜检查是呼吸科的常用检查手段，已经广泛应用于临床，该检查的主要后遗症主要包括喉痉挛、低氧血症、出血、气胸等。有些患者会出现发热。主要是术后出现的发热，多继发细菌感染、菌血症，败血症偶有发生。部分患者会出现眼睛充血的的症状。但可以很快消失，多数在1至2天内可以完全恢复正常，一般无需进行治疗。需要注意的是，使用支气管镜进行治疗时，可能会对支气管造成影响。
顽固性，刺激性咳嗽，咯血或者痰中带血，不明原因的局限性哮鸣音。肺部感染性疾病的深部标本的获得，清除气管支气管内的分泌物和痰栓，怀疑支气管结核或者肺结核的诊断。肺部弥漫性病或者间质性疾病变不能确诊时，通过支气管镜活检或者灌洗帮助诊断。气管、支气管内异物。吸入性烧伤者了解气道情况。引导气管插管。
支气管镜检查有适应证和禁忌症，适用于支气管疾病的检查，患者出现不明原因的胸腔积水时，使用支气管镜检查是比较好的，但是支气管镜检查也有禁忌，一些有心血管疾病的患者，是不能进行支气管镜检查的，还有一些出现严重气胸、有严重感染性疾病的患者，都不适合进行支气管镜的检查，除此以外，腹主动脉瘤严重的情况下，也不适合支气管镜检查。
儿童做支气管镜的危害有麻醉风险、呼吸困难、缺氧等。小儿支气管镜一般不会配合，一般会有以下几种危险因素：
1、麻醉风险：麻醉时有可能发生麻醉事故，有时麻醉后会有后遗症。
2、呼吸困难：由于孩子不配合检查，会导致咽喉水肿，呼吸困难。
3、缺氧：一些具有高度反应能力的儿童，可发生严重的支气管痉挛，造成缺氧，甚至有生命危险。
气管镜检查的注意事项有术前四小时禁食，以避免操作时误呛导致肺炎。操作过程中应从鼻腔提供氧气，以确保氧气的充足。在进行支气管镜操作时不可讲话，否则可能引起声带受伤，如有不舒服或是胸痛，可以举手示意。