需清淡易消化饮食，忌辛辣刺激的食物，戒烟酒，保持大便通畅，避免劳累过度，减少户外活动。每天可热水坐浴，促进局部血液循环，锻炼肛门括约肌的收缩功能，如严重需要考虑去医院肛肠科治疗。
可以服用抗生素抗感染治疗，然后局部涂抹乳膏，每次排便后用温水清洗肛门，保持肛周的局部清洁，但是如果肛瘘反复发作，瘘口比较多，形成了复杂性肛瘘，使用保守的治疗方法效果不好，要选择手术治疗，主要是手术切开引流。
肛瘘一旦确诊要手术，吃药和打针都没有治疗意义。手术之后伤口完全长好，需要一个半月左右的时间。术后需要每天换药，换到伤口完全长好，要多休息避免运动，饮食清淡。
有可能属于痔疮脱出或者是直肠脱垂现象。痔疮脱出后在肛门口可以看到梅花瓣样的肉块儿，直肠脱垂属于套叠形状的黏膜突出。如果属于痔疮时，轻症可以保守治疗，严重时需要手术。
肛门脱肛如果属于长期脱肛，可以考虑手术治疗。注射法：注射疗法主要是将药物注射于直肠粘膜下层，造成瘢痕，使粘膜与肌层粘连固定；或注射到直肠周围，便宜肠与周围组织粘连固定，不再下脱。粘膜切除缝合术：适用于肛管脱垂和直肠下部脱垂。
