巧克力囊肿复发时，疼痛，巧克力囊肿病患会不同程度的出现小腹疼痛，白带异常、月经紊乱失常。不孕症，将近一半的病患因盆腔器官的粘连，使输卵管的蠕动受阻而造成不孕不育。痛经，夫妻性生活中还会伴有疼痛感出现。
巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种表现形式。做完巧克力囊肿手术一般需要5天的时间就可以拆线，一个月的时间就能够恢复。术后之后至少半年的时间才可以怀孕的，避免怀孕过早，增大的子宫引起了腹腔刀口破裂的可能。
卵巢巧克力囊肿，腹腔镜手术在三甲医院需要10000元-20000元左右。由于医院的级别不同，收费标准也有所不同，比如二甲医院收费标准会有所降低。对于巧克力囊肿在相同级别的医院，但是所处的地区不同，如果做手术，收费标准也有所差别。
巧克力囊肿扭转或破裂了可以从症状来判断。巧克力囊肿蒂扭转这种现象会引起腹痛，而且是激烈的疼痛，恶心呕吐等。常须急诊处理，囊肿破裂多发生于经前期及月经期。巧克力囊肿是子宫内膜异位症的病理表现。
可以通过做手术治疗巧克力囊肿，这样是不会出现复发的，还可以将病灶全部切除。但是这种办法几乎是不可行的，因为手术将巧克力囊肿切除的太彻底，容易对卵巢造成太大的破坏，引起卵巢的衰退。
巧克力囊肿腹腔镜手术最佳时间并没有明确要求，需要根据患者的情况来分析。
巧克力囊肿的手术时机并不是很确定，要根据患者的具体病情来决定。卵巢巧克力囊肿最好避开经期进行手术当然，女性在月经结束后3-7日是手术比较好的时间。女性月经来潮后3-7日需要进行输卵管和子宫的检查。如果伴有卵巢朱古氏囊肿，需要进行子宫内窥镜下的子宫不育和双侧输卵管畅通的检测。
