卵巢巧克力囊肿治疗后不会影响生育。手术方式有开腹手术和经腹腔镜手术两种。腹腔镜手术是最符合本病处理方法。平时注意休息，以清淡易消化饮食为主，避免辛辣刺激性食物。
巧克力囊肿的复发几率还是非常高的。在临床上，如果巧克力囊肿的病人术后没有给予相应的干预，绝大多数都会出现复发的情况。主要是因为巧克力囊肿由具有活性的子宫内膜细胞种植在卵巢，才引起的这种囊肿，手术很难把这种活性细胞完全根除掉，所以就会复发。
还是有怀孕的可能性的，注意调整自己的情绪，保持乐观开朗的心态，使机体免疫系统的功能正常，要注意自身保暖，避免感寒着凉，月经期间，禁止一切剧烈体育运动及重体力劳动。
感冒期间不可以吃巧克力，巧克力特别的甜，很容易导致咽喉部不舒服的症状出现，甚至会导致或者加重咽喉炎的情况。感冒本来就是感冒病毒或者细菌。所导致的上呼吸道的感染，包括咽喉部、鼻腔或者气管，都有可能会出现炎症的反应。
巧克力囊肿一般是不会影响输卵管不通的，两者之间没有直接关系，排卵如果正常就说明输卵管没有堵上，如果还不放心，可以在月经干净以后去医院检查输卵管的通畅情况是否正常。
持续一定时间后都可引起肾积水，必要时可以考虑手术治疗的，目前可以采取抗炎、利尿治疗的，要注意休息，忌辛辣刺激性食物的慑入，禁止喝啤酒，少吃或者不吃面食。特别是手术后一个月内尽量别吃豆类。
