巧克力囊肿一般是不会影响输卵管不通的，两者之间没有直接关系，排卵如果正常就说明输卵管没有堵上，如果还不放心，可以在月经干净以后去医院检查输卵管的通畅情况是否正常。
子宫内膜异位于卵巢深部，经血潴留形成的囊肿。积血多呈巧克力糊状，常因表面出血或囊壁破损而与邻近器官粘连，病人有月经紊乱、痛经、不孕等表现，可手术切除。异位在卵巢的子宫内膜所引起的，这种异位的子宫内膜，其组织结构与正常位置的子宫内膜相同，也可出现增生或分泌期的改变，并引起月经来潮，由于经血无法排出，积聚在卵巢，形成囊肿。
卵巢巧克力囊肿是一种疾病，具体分析如下：
卵巢巧克力囊肿是因为子宫内膜异位在卵巢深处，经血无法及时排出，从而滞留在卵巢中，形成了一个囊肿，这种囊肿一般都是巧克力糊状，也就是所谓的卵巢巧克力囊肿。卵巢巧克力囊肿是由于子宫内膜异位所致，会出现痛经、月经紊乱等情况，甚至会出现不孕的情况。卵巢巧克力囊肿的治疗方法有两种，一是保守治疗，二是手术，如果病情不是特别严重，可以口服激素类药物。
手术不是很简单，巧克力囊肿一般是子宫内膜移位导致的；输卵管积液是由于输卵管炎症导致的输卵管闭塞，使输卵管内的分泌物流不出来集聚在输卵管。巧克力囊肿和输卵管积液一次麻醉两个疾病一起手术，费用根据医院的级别不同收费标准不太一样的。
需要通过手术切除，这样才可以取得很好的效果的，因为巧克力囊肿的发生于子宫内膜移位有关系的，所以在手术后，要服用一些预防的药物，这样才可以取得很好的效果，预防复发的。如果现在囊肿已经出现，单纯的口服药物是不会有很好的效果的。
卵巢巧克力囊肿因多种因素而发生自发或在外力影响下的破裂，破裂可反复发生。破裂后陈旧性血液溢入腹腔，引起剧烈腹痛，恶心呕吐等，常须急诊处理。囊肿破裂多发生于经前期及月经期。巧克力囊肿是子宫内膜异位症的病理表现，异位的内膜与子宫内膜一样，随卵巢激素的变化而发生同期性出血和其周围组织纤维化，但因其血液不能像经血一样经阴道排出，而是积聚在局部并形成潴留囊肿。