巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种，主要是子宫内膜移位到卵巢而形成的巧克力囊肿。治疗的方法只有手术或者是绝经疗法来治疗。巧克力囊肿手术以后，为了防止复发，术中会冲洗盆腔，都是用药物让三个月不来月经，来达到预防复发的目的。
注意多吃些蔬菜水果，不要吃垃圾食品，不要吃非季节性蔬菜水果，不要吃含有激素的食物。精神放松，保持心情舒畅，保持阴部清洁卫生。可以吃蔬菜、蛋类、瘦肉、稀饭、面条、馒头、米饭等食物。
有痛经的症状，并且月经不调，不能排除巧克力囊肿，或者子宫腺肌症，去医院做B超检查，看是巧克力囊肿还是子宫腺肌症，如果是巧克力囊肿，做一个可视针吸治疗，把巧克力液抽出来，注入硬化剂，这样巧克力囊肿就会吸收，如果是子宫腺肌症，可以上吉妮环治疗。巧克力囊肿又叫子宫内膜异位症，就是说子宫内膜组织出现在了子宫体以外的地方了。本病的发病机制还尚不清楚。常见的症状是下腹痛、痛经、性交不适和不孕等。有些病人无症状。治疗应根据病人的年龄、症状、病变范围以及对生育要求等情况全盘考虑。
B超发现卵巢囊肿，明确告知囊肿是良性还是恶性，是否诊断卵巢巧克力囊肿，这是不现实的。b超可判定盆腔是否有囊肿，囊肿位置及囊肿内部结构，但不能诊断子宫内膜异位症。子宫内膜异位症有时很难与卵巢恶性肿瘤、结核病和炎性肿块区分开来。
巧克力囊肿术后饮食，没有什么明显的饮食禁忌，对于新鲜的水果、蔬菜、鱼、虾、瘦肉、鸡蛋、牛奶均可以食用。但是对于比较特殊的食物，比如豆制品、豆浆、蜂王浆，尽量减少食用或者是不食用。
