头孢克肟的主要不良反应有消化道反应，例如腹泻，皮肤症状，部分可出现皮疹。还可以导致嗜酸性粒细胞增多，和某些临床检查值异常。严重的不良反应，有休克，过敏性症状，例如呼吸困难，血管性水肿，荨麻疹等。也可引起粒细胞缺乏症，溶血性贫血等，对肾功能有一定的影响。还可引起一些皮肤的病变。
一般情况下，头孢三代抗生素是一种口服的头孢三代抗生素。有用药的宝宝可以放心服用，但也有一些不良的症状，比如肠胃的反应，有些小孩服用后会出现恶心呕吐甚至拉肚子等症状。一些儿童比较容易发生皮肤瘙痒、咳嗽加重等症状，服用了头孢克肟后要马上停止使用。如果使用了长时间的头孢克肟，尤其是儿童有痢疾，很可能会引起肠道菌群失调，引起二次感染，从而加重痢疾等情况，建议在医生的指导下使用药物进行治疗，以免对身体造成不良影响。
这种药物服用过量的副作用可发生哮喘、眩晕、耳鸣、出汗、皮肤粘膜红斑、水疱、烧灼感、疼痛，还有的表现为溶血性贫血、血小板减少、点状出血、紫斑、血红蛋白尿等。如果出现腹痛，反复的腹泻应立即停止给药，并采取适当的处置措施。
孢克肟为口服用的第三代头孢菌素类抗生素，适用于治疗敏感菌所致的呼吸、泌尿和胆道等部位的感染。头孢克肟对革兰阴性杆菌产生的β-内酰胺酶高度稳定，对革兰阴性杆菌抗菌作用强于第一代和第二代头孢菌素，对革兰阳性球菌抗菌作用不如第一代和第二代头孢菌素。头孢克肟和其他抗生素一样，要按疗程服用，不得长期大量使用容易造成菌群失调。
适用于由链球菌属、肺炎球菌、淋球菌、大肠杆菌、克雷白杆菌属、变形杆菌属、流感杆菌等引起的急性支气管炎、肺炎、肾盂肾炎、膀胱炎、淋球菌性尿道炎、胆囊炎、胆管炎、猩红热、中耳炎、鼻窦炎等感染。
小儿头孢克肟是一种口服的三代头孢菌素，属广谱抗菌药物，对部分革兰氏阳性菌及阴性菌均有敏感性。
小儿头孢克肟对淋球菌、肺炎链球菌、克雷伯氏属、变形杆菌属等有较强的灭作用。常用于治疗细菌感染引起的扁桃体炎、肺炎等呼吸道感染性疾病，也用于胃肠道感染、泌尿道感染、胆道感染等疾病。
用药前需要确定有细菌感染证据，最好在医生指导下用药。
