一般情况下，怀孕后支原体、衣原体感染可以在医生的指导下服用大环内酯类药物治疗，比如：阿奇霉素。
支原体、衣原体感染可以经胎盘垂直传播或逆行性感染，引起宫内感染，可导致流产、早产、胎儿宫内发育迟缓等，小孩出生时可能会导致感染，出现结膜炎等。对于孕期的特殊感染，除了支原体、衣原体，还有弓形体、巨细胞病毒、风疹病毒等。这些特殊感染可能会造成胎儿畸形，要及时筛查，及时处理。
支原体和衣原体的检查主要是提取尿道分泌物，然后进行化验，支原体通常是做细菌培养，衣原体通常是做基因的检测。做支原体或衣原体检查时，要在停用抗生素10天以后再去医院检查，避免因使用抗生素造成"假愈"现象。支原体和衣原体的检测，平时并不作为常规检测，通常是病人出现相关的症状时，医生才考虑进行支原体和衣原体的检测。
支原体、衣原体等是轻度或中度的，自身的免疫功能是可以自行恢复的。支原体、衣原体感染、自身免疫力低下等情况，是很难治愈的。
对于支原体、衣原体的治疗，可以选择红霉素、阿奇霉素、罗红霉素等三种药物。近年来，对支原体的抗药性越来越强。抗药性高达75%，使用红霉素类的药物也不一定有效。如果治疗无效，可以选择环丙沙星、左氧氟沙星等喹诺酮类药物。另外，四环素、多西环素、米诺环素等都是四环素。
支原体衣原体感染不可以怀孕。如果支原体衣原体感染病情比较严重会引起不孕不育的现象，而且即使怀孕以后也不排除会出现有先兆流产，流产或者早产等病情的发生。
衣原体肺炎一般指肺炎衣原体肺炎，可以使用阿奇霉素、罗红霉素等药物治疗。
肺炎衣原体肺炎是肺炎衣原体感染导致的肺部急性炎症，主要通过飞沫传播，常表现为发热、咽痛、头痛，症状通常较轻，患者可以在医生指导下使用阿奇霉素、罗红霉素、多西环素、左氧氟沙星等药物治疗。
如果是咳嗽、咳痰比较严重，可以服用氨溴索、右美沙芬等，如果体温高于38.5℃可以服用退烧药，比如对乙酰氨基酚、布洛芬等。
支原体和衣原体的感染不自愈。
支原体、衣原体是病原体之一，它是细菌和病毒中间的一种病原体。主要侵害人体气管黏膜，生殖器，皮肤和黏膜。当存在支原体，衣原体的感染，人体的临床表现并不一定存在，有的还是体检时发现的，需要及时治疗。
如未得到及时处理或规范处理，支原体在身体的某一个部位总是存在的，当机体抵抗力降低时，可导致临床症状出现。
