肛瘘的分类方法很多。最常见的为①：括约肌间肛瘘，多为低位肛瘘，约占70%，为肛管周围脓肿的后果。②：经括约肌肛瘘，可以为低位或高位肛瘘，约占25%，为坐骨直肠窝脓肿的后果。③：括约肌上肛瘘，为高位肛瘘，少见，占5%，常需分期手术。④：括约肌外肛瘘，最少见，占1%，为骨盆直肠脓肿合并坐骨直肠窝脓肿的后果。
按病变程度分类：单纯性肛瘘，只有一条瘘管，内外口直通的肛瘘；复杂性肛瘘，瘘管和外口在两条或两个以上，但内口可以是一个或多个的肛瘘。按病变的深浅分类：低位肛瘘，瘘管管道位于外括约肌深层以下的肛瘘；高位肛瘘，瘘管管道位于外括约肌深层或耻骨直肠肌以上，内口在齿线或齿线以上的肛瘘。
肛瘘的常见因素：肛门周围脓肿：主要因污染粪便滞留肛隐窝，引起肛腺炎，导致肛门周围脓肿，是肛瘘形成的主要原因；直肠肛门损伤：外伤、来自消化道的骨性异物、金属、肛表及肛门窥器检查损伤肛管直肠，细菌侵入伤口即可引起肛门周围脓肿；肛裂：肛裂反复感染，可引起皮下瘘，也可引起肛腺炎。
肛瘘由于分泌物的刺激，使肛门部潮湿，瘙痒，有时形成湿疹。当外口愈合，瘿管中有脓肿形成时，可感到明显疼痛，同时可伴有发热，寒颤，乏力等全身感染症状。肛瘘的治疗原则是手术为主，只有进行手术，才能找到原发的内口，并把感染的肛窦、肛门腺及其导管切除干净。
肛瘘症状是瘘外口流出少量脓性、血性、粘性分流为主要症状，较大的高位肛瘘因瘘管位于括约肌外，不受括约肌控制，常有粪便及气体排出，由于分泌物的刺激使肛门潮湿，瘙痒，有时形成湿疹。当外口愈合，瘘管中有脓肿形成时，可感到明显的疼痛，同时可伴有发热、寒颤，乏力等全身感染症状，脓肿穿破或切开引流以后，症状缓解。