一般来说，宝宝肛瘘不会自愈，具体分析如下：
宝宝肛瘘主要是肛周脓肿不能及时的处理，或是经常复发导致的。大多数儿童可以用温生理盐水坐浴，也可以用高锰酸钾稀释液来缓解，但并不能根治，必须进行外科手术。挂线是肛瘘外科最常用的外科方法，它既简便又有效。因此，肛瘘通常不会自行愈合。
在日常生活中，家长应该加强孩子的营养摄入，保持睡眠充足，早睡早起适当参加户外活动，有助于健康成长。
肛瘘不能自己康复，肛瘘是肛周脓肿破溃以后形成的疾病，主要构成是内口，外口和瘘管，其中瘘管是一个坚硬的结缔组织管道，是不会自己康复的。只能通过手术将瘘管切除，内口敞开才能康复。
肛瘘是肛腺感染化脓引起的，绝大部分都需要手术治疗，不能自愈。因为脓肿虽然破溃或已切开引流，但原发感染源如肛窦炎、或肛腺感染依然存在，肠腔内容物还可从内口继续进入瘘管;肛瘘的治疗可以采用瘘管切开术，肛瘘切除术，或者可以用中医的挂线疗法。
一般不能自愈，即使病情再轻，都需要一定的处理，可能有的一些中医采用一些药物治疗，会有一定的疗效，病情较轻的治疗后不会再次发作；但多数病人，肛瘘会反复发作引起瘘管走行加深，可能会引起多个支管，所以一旦确诊为肛瘘，建议及时手术治疗，可能会有较好的疗效，避免病情迁延不愈，带来更为严重的并发症。如果病程过长，会使肛门括约肌纤维化，造成肛门失禁及肛门狭窄的可能。
肛瘘不可以自愈，内口存在，脓肿虽然破溃或者已经切开引流，但是原发的感染灶，比如肛窦炎依然存在，肠腔内容物还可以继续从内口进入瘘管。肠腔中的粪便、肠液和气体继续进入瘘管刺激管壁，使得管壁的结缔组织增生，管腔难以闭合。脓腔引流不畅或者是外口变小，有时闭合，有时破溃，脓液积聚在脓腔内，导致脓肿再发，并破溃而形成新的瘘道。管道大多是在不同高度穿过肛门括约肌，肛门括约肌的收缩阻碍了脓液排出，导致引流不畅。