肛瘘不可以自愈，内口存在，脓肿虽然破溃或者已经切开引流，但是原发的感染灶，比如肛窦炎依然存在，肠腔内容物还可以继续从内口进入瘘管。肠腔中的粪便、肠液和气体继续进入瘘管刺激管壁，使得管壁的结缔组织增生，管腔难以闭合。脓腔引流不畅或者是外口变小，有时闭合，有时破溃，脓液积聚在脓腔内，导致脓肿再发，并破溃而形成新的瘘道。管道大多是在不同高度穿过肛门括约肌，肛门括约肌的收缩阻碍了脓液排出，导致引流不畅。
一般不能自愈，即使病情再轻，都需要一定的处理，可能有的一些中医采用一些药物治疗，会有一定的疗效，病情较轻的治疗后不会再次发作；但多数病人，肛瘘会反复发作引起瘘管走行加深，可能会引起多个支管，所以一旦确诊为肛瘘，建议及时手术治疗，可能会有较好的疗效，避免病情迁延不愈，带来更为严重的并发症。如果病程过长，会使肛门括约肌纤维化，造成肛门失禁及肛门狭窄的可能。
一般来说，宝宝肛瘘不会自愈，具体分析如下：
宝宝肛瘘主要是肛周脓肿不能及时的处理，或是经常复发导致的。大多数儿童可以用温生理盐水坐浴，也可以用高锰酸钾稀释液来缓解，但并不能根治，必须进行外科手术。挂线是肛瘘外科最常用的外科方法，它既简便又有效。因此，肛瘘通常不会自行愈合。
在日常生活中，家长应该加强孩子的营养摄入，保持睡眠充足，早睡早起适当参加户外活动，有助于健康成长。
肛裂是一种常见的肛管疾患也是中青年人产生肛管处剧痛的常见原因。该症初起仅在肛管皮肤上有一小裂口，有时可裂到皮下组织或直至括约肌浅层，裂口呈线形或棱形，如将肛门张开，裂口的创面即成圆形或者椭圆形。肛裂的原因很多，先找出原因，再进行治疗。
肛瘘不能自己康复，肛瘘是肛周脓肿破溃以后形成的疾病，主要构成是内口，外口和瘘管，其中瘘管是一个坚硬的结缔组织管道，是不会自己康复的。只能通过手术将瘘管切除，内口敞开才能康复。
婴儿的肛瘘一般是不能够自愈的。婴儿肛瘘多为低位单纯性肛瘘，具有一定的自愈性，但是也需要配合药物处理的，需要三周以上的时间，而且应该注意调理好婴儿的肠道功能，避免腹泻或者是便秘。