肛周脓肿只能手术治疗，如果不及时治疗，有可能演变成肛瘘。肛周脓肿一旦治好，不再形成肛瘘。尽早手术的原因是肛门周围组织较疏松，且间隙多，故当一个间隙发生感染后常会迅速波及到其他间隙，引起多个间隙的混合感染，所以肛周脓肿应及早手术治疗。
治疗肛周脓肿的方法有手术，且越早越好。肛周及会阴部可见片状黑色病变，皮下可触及捻发音，严重的大片皮肤及筋膜进行性坏死，波及阴囊、大阴唇，有的到达直肠下段、下腹部、后腰部，面积广，蔓延速度快。
婴儿肛周脓肿其实是小儿肛周脓肿的一种。肛周脓肿是一种常见的病症，小儿肛周脓肿的发病率也在不断增加，原因是由于婴幼儿饮食不合理，或者是长期腹泻所致。肛周脓肿是一种炎症性炎症，病情发展的很快，如果不及时处理的话，脓腔就会迅速扩张，从而导致病情的恶化。
对于婴幼儿的肛周脓肿，一般有两种方法，一种是消炎，使用消炎药物，可以控制脓腔的面积，从而控制炎症。第二种，就是直接做外科手术，先把脓水剖开，再修剪一下，把感染的坏死组织去掉，等恢复了正常的组织。
小儿肛周脓疡并没有最好的处理方法，只能选择对其进行最好的处理，通常采用的是保守疗法，外科治疗。
非手术疗法
1、婴儿的肛周脓肿的情况比较轻，可以使用外敷的药物，例如外敷的红霉素。2、用热水来进行坐浴，尤其是在大便之后要用清水清洗，可以通过热水坐浴来加快局部的血液流通，也可以到正规的医院进行物理理疗。
2、外科疗法
如果小儿的肠管出现了严重的脓疡，应立即进行开腹引流，以免发展为肛漏。术后要注意使用抗生素，同时要注意肛周的卫生。
对于肛周脓肿治疗方式还是手术的，药膏对于一些脓肿也是有作用的，作用的机理就是通过药膏的腐蚀作用，使脓肿表面皮肤破溃，脓肿内部的脓液流出，达到治疗的目的。这个对于一些较大的脓肿效果可能不是太好。可以考虑手术。