肛瘘不开刀治疗的方法主要是选择使用药物以及用药物进行肛门坐浴，比如使用消炎药以及中药等药物调理，促进肛瘘瘘管内的脓液排出，消除炎症，同时配合肛门洗剂或者复方苦参洗剂进行坐浴，可以清洁肛周皮肤，避免感染加重。再配合冷冻、激光、电疗的方法进行瘘管的根除，或者选择药物进行瘘管的填塞，闭合内口。
肛瘘是肛肠科的常见疾病的，唯一有效的方法就是手术的，除此之外没还有保守疗法的，但是保守治疗一般只能减轻症状和减少发作。可以选择微创无痛手术的，痛苦小，一般不用住院的。调理排便：保持大便通畅，防止腹泻或便秘，以减少粪便对肛瘘内口的刺激。清洁肛门要勤换内裤。
肛瘘的检查方法可以做肛门指检，肛门指检为最常见、最直接的检查方法，可触及条索状物及硬结。还有就是美兰造影，将美兰从外口打进，如果美兰由肛门流出，可诊断肛瘘。影像学检查包括B超、磁共振、肛瘘造影。手术探查需在麻醉状态下进行。
肛瘘的危害很大，一旦患有了肛瘘以后，都会特别的痛苦。而且一旦肛瘘形成，自愈的机会极少，瘘管复杂化后，带来许多麻烦与一定的危害性。当如果选择好的医院，先进的技术是可以治好不复发的。
肛瘘有很多治疗方法。常用的是传统药物疗法，传统手术方法和微创疗法。肛瘘由内外口和瘘管组成。如果肛瘘严重，可能有多个瘘管和瘘管。如果传统疗法不能发现准内，完全消除原有感染，或瘘管未完全切除，很容易复发，这是传统手术的一大缺点，肛瘘想要彻底治疗，还需要微创手术肛瘘治疗方法比较好。
根据瘘管深浅、曲直，可选用挂线疗法、肛瘘切开或切除术。手术治疗，原则是将瘘管全部切开，必要时将瘘管周围瘢痕组织同时切除，使伤口自基底向上逐渐愈合。电疗仪治疗，运用现代肛瘘电疗仪的高温物理技术治疗，利用电弧放电产生高温，对局部组织进行烧灼，以切开肛瘘达到治疗目的。