肛瘘要及时就医，还要注意肛门护理，坐姿时要让肛门悬空透气，便后要用水清洗干净，熏蒸坐浴要保证足够时间，大便后不但要用肛部清洁器冲洗，还需要用肛部消毒巾擦拭消毒，因为便血的伤口会受到大便中细菌的污染，如果不及时消毒，细菌滋生会造成病情恶化。
根据瘘管深浅、曲直，可选用挂线疗法、肛瘘切开或切除术。手术治疗，原则是将瘘管全部切开，必要时将瘘管周围瘢痕组织同时切除，使伤口自基底向上逐渐愈合。电疗仪治疗，运用现代肛瘘电疗仪的高温物理技术治疗，利用电弧放电产生高温，对局部组织进行烧灼，以切开肛瘘达到治疗目的。
安氏疗法。采用探针检查和双氧水灌注的方式，准确检查内口，这种科学的检查方式准确率高达99%，为下一步治疗提供依据。接着，对病灶部位进行治疗。对肛瘘的治疗采用微创的小切口，对主要的病灶部位切开，对口引流，对内口和外口分解处理，部分切开部分保留，化复杂为单纯。
有助病人度过大便关，尽可能减少病人的痛苦。应鼓舞病人多吃蔬菜水果、多饮水，使他们心情轻松，养成定时大便的习惯。应该多食平淡并含有丰富维生素的食品，如蔬菜有冬瓜、丝瓜、绿豆、萝卜等。经久不愈的肛瘘多属虚型，饮食上应食含有丰富蛋白质类等食品，如瘦肉、牛肉、蘑菇、大枣、芝麻。
缓解肛瘘最快的方法首先去除诱因，如缓解便秘，治疗腹泻，保持肛门部位卫生，然后使用药物进行外用治疗，急性期还可以同时配合抗生素进行消炎治疗，如严重的经常发作情况下需要及时给予手术治疗。