如果经过穿刺活检确定是恶性结节，最常见的治疗方法是手术治疗，术后还要配合化疗、放疗、内分泌药物治疗等增强治疗效果。如果是良性结节，结节小于1cm没有疼痛、肿胀，无需特殊处理可暂时观察。
乳腺结节3类可通过穿刺或手术来治疗。乳腺结节若在影像下诊断为3类，其为恶性肿瘤的可能性小于2%，基本可认为是良性病变。多为增生性结节或良性的纤维腺瘤。通过观察其是否快速增长来判断是否存在恶性肿瘤的可能性。
良性的结节通常在2-3级，2级的结节考虑良性结节，3级的结节考虑有98%的可能性是良性结节。该类考虑良性的结节，根据不同情况可选择定期复查或结合患者意愿，可进行穿刺或采取肿物局部切除。炎症性结节可能属于2-3级的范畴，需及时、规范治疗，中医药治疗在该邻域较有特色；4-6级结节，随着级别升高，考虑其恶性程度越高，可穿刺或手术切除。
微创手术适合于较小的良性结节，患者对乳房的美容要求较高、希望少留瘢痕的女性；常规手术适合于不能在术前基本明确良恶性、结节较大、需要手术切开皮肤和皮下组织的女性。总之，应充分结合乳腺结节的性质、结节的数量、结节的大小、患者的要求等因素，综合确定手术方式。
乳腺结节三级对于乳腺纤维腺瘤和乳腺增生结节，根据结节的大小、位置，结合患者意愿，可采取定期复查、手术切除，对于乳腺炎症，可采用中医的中药内服、中药外敷结合治疗。