清理扁桃体结石的方法可以通过漱口，或者通过镊子将扁桃体结石夹出来。大的扁桃体结石，夹不出来，就需要到耳鼻咽喉科门诊去取出来。需要注意口腔卫生，饭后多注意漱口，可以进一步预防扁桃体结石的，扁桃体结石还会经常出现。
如果扁桃体结石比较小，可以用镊子或刮齿就能够自行取出。如果结石比较大比较深就需要局部切开，然后让医生取出。如果反复发作比较顽固的情况下需要直接手术切除扁桃体。扁桃体结石一般位于扁桃体窝内。成年人扁桃体上凹凸不平有很多瘢痕，食物残渣以及细菌就会繁殖从而出现结石。会出现口腔内异味、疼痛等情况，饮食上要清淡，饭后漱口。
扁桃体结石是可以自己抠掉的，扁桃体结石，是由扁桃体的脱落上皮细胞和食物的残渣混合而形成的，和扁桃体的联系也不是十分紧密，并没有血液供应，不存在出血的可能，只要自己的方法得当，完全可以通过自己的努力把他清理出去。如果自己没有清理干净，可能还会反复发生，可以到医院治疗。如果反复多次发生，无法清理，可以手术切除双侧扁桃体。
扁桃体结石主要是由于急慢性扁桃体的炎症反复发生导致的，隐窝口上皮的过度角化所形成的沙粒状的附着于扁桃体的表面。扁桃体结石一般不进行清理，因为扁桃体的结石附着的表面粘连非常紧密，而且相对很小，清理过后会造成的扁桃体表面黏膜的破损，会形成黏膜的疤痕，堵塞扁桃体隐窝分泌物的排泄。所以临床上不进行清理，可以用漱口水漱口。
扁桃体并没有结石存在，慢性扁桃体炎以及扁桃体角化症都可以出现扁桃体表面有乳白色颗粒状或点状物，慢性扁桃体炎表面的乳白色分泌物是由扁桃体腺窝内大量的脱落上皮细胞、淋巴细胞、白细胞及细菌聚集而形成。