扁桃体结石主要是由于急慢性扁桃体的炎症反复发生导致的，隐窝口上皮的过度角化所形成的沙粒状的附着于扁桃体的表面。扁桃体结石一般不进行清理，因为扁桃体的结石附着的表面粘连非常紧密，而且相对很小，清理过后会造成的扁桃体表面黏膜的破损，会形成黏膜的疤痕，堵塞扁桃体隐窝分泌物的排泄。所以临床上不进行清理，可以用漱口水漱口。
每个医院的收费标准是不一样的，根据城市的级别不同，还有就是医院的级别不同，收费的标准也是不一样的，一般费用是在1万块钱以内，术后要注意饮食结构，不要吃辛辣刺激，油煎油炸的食物，注意保证足够的休息以及注意保暖，避免受凉。
扁桃体结石的治疗，包括剔除结石的保守治疗，也有切除扁桃体的手术治疗。因为治疗方法不同，所需要的费用不完全相同。如果单纯的进行扁桃体结石剔除治疗，费用可能在1000元左右，如果进行扁桃体切除手术，费用可能会在四五千元左右。具体费用应当咨询就诊医院。
清理扁桃体结石的方法可以通过漱口，或者通过镊子将扁桃体结石夹出来。大的扁桃体结石，夹不出来，就需要到耳鼻咽喉科门诊去取出来。需要注意口腔卫生，饭后多注意漱口，可以进一步预防扁桃体结石的，扁桃体结石还会经常出现。
扁桃体结石，如果其只是微小的食物残渣慢慢堆积而成，其可以在饭前饭后以漱口为主，都可以清出来。如果清不出，可以考虑用剜匙或者镊子将比较大的扁桃体结石去除。
如果扁桃体结石比较小，可以用镊子或刮齿就能够自行取出。如果结石比较大比较深就需要局部切开，然后让医生取出。如果反复发作比较顽固的情况下需要直接手术切除扁桃体。扁桃体结石一般位于扁桃体窝内。成年人扁桃体上凹凸不平有很多瘢痕，食物残渣以及细菌就会繁殖从而出现结石。会出现口腔内异味、疼痛等情况，饮食上要清淡，饭后漱口。