发生肠道病毒感染时，进行隔离，进行大便常规的检查和药敏试验，采取有效的抗病毒药物对症治疗，如果并发有其他的情况，如呼吸道感染或皮肤感染等，根据症状对症治疗。
肠道病毒存在多种类型，如脊髓灰质炎病毒、柯萨奇病毒、埃可病毒、EV71病毒等。每种病毒通常会引起不同的疾病，但会有一定的共同表现，主要症状表现为乏力、倦怠、发热等全身症状，还可伴有皮疹、结膜充血、腹痛、腹泻等症状症状，如果病毒侵犯消化道、心血管、呼吸道、中枢神经系统等多个脏器，可能会诱发肺炎、脑炎、惊厥、呼吸衰竭等病症，需及时就医进行治疗。
弱阳性是提示有感染的可能性，需要结合宝宝自身的情况，以及全身的症状而定。如果有出现皮疹、高热的情况，需要积极治疗。另外如果近期接种过手足口疫苗，也可能会出现弱阳性的结果。需要结合孩子的情况，积极对症治疗。
肠道病毒感染就是说肠道被病毒感染的意思。治疗以抗病毒治疗为主。肠道病毒感染是一种全球性感染疾病，夏秋季高发，多经粪口及呼吸道传播。可服用抗病毒药物及清热解毒中草药，补充维生素B、C等。平时注意休息，加强护理，对症和支持治疗。
新生儿肠道感染可以停止喂养可能导致新生儿肠道感染的食物，检查食物安全等因素，包括母亲乳房发生感染或未经完全消毒，配方奶出现问题、母乳冷藏时间过久或喂养食物温度较低等；发生新生儿肠道感染，可口服敏感抗生素进行治疗，如第三代相关药物类抗生素等；出现败血症，需及时进行静脉给药，并注意补充体液，若发生严重败血症，需停止喂养，避免出现新生儿坏死性小肠结肠炎。
新生儿肠道畸形的病人，要对出现腹水或腹膜炎的患儿行腹腔穿刺放液。对极低体重或有肠穿孔的患儿采用腹腔引流结合内科治疗可作为一种有效的临时措施。若引流液污浊或腹腔内出现脓肿等需开腹手术。
