早期使用适当抗生素可减轻症状及缩短病程。大环内酯类抗生素为首选，如红霉素、罗红霉素和阿奇霉素。对大环内酯不敏感者则可选用氟喹诺酮类，如左氧氟沙星、莫西沙星等，四环素类也用于肺炎支原体肺炎的治疗。
支原体感染可以通过药物治疗来进行改善。
支原体的感染可以通过服用阿奇霉素等口服的药物来缓解症状，同时还可以针对症状进行相应的处理。支原体感染会导致支气管炎和肺炎，会导致咳嗽咳痰，可以服用一些具有镇咳化痰作用的药物，同时还可以服用一些退烧药。
男士支原体感染可以通过口服药、外用药等方式来改善病情。
1、口服药：男性支原体阳性一般是由于非淋病毒等细菌感染所致，会造成局部的瘙痒、疼痛、泌尿系统的充血性、浮肿，需要在医师的建议下使用阿奇霉素、多西环素、罗红霉素等。
2、外用药：用高锰酸钾冲洗或坐浴，具有抗菌、消炎、止痒等功效，对支原体的感染也有一定的帮助。日常的饮食习惯要保持良好的个人卫生习惯，不能长时间的工作。
病人在做检查时候发现支原体类感染，不一定需要治疗，因为支原体在女性生殖道检出率非常高，妊娠合并支原体如果没有临床症状，可以不治疗。
人型支原体、解脲支原体、生殖支原体是常见的与泌尿生殖道感染有关的三种支原体。只是解脲支原体检测出阳性，无其他异常，不会影响妊娠过程或结局。相对影响较大的通常是生殖支原体，要查出来需要做培养，生殖支原体一般衣原体、淋球菌，等其他病原体合并感染时才致病，如下腹疼痛、阴道分泌物增多等，单独生殖支原体也并不致病。如同时检测到上述微生物，要根据药敏结果或培养及时进行合理治疗，单独检测到则不必过于担心。
男性有支原体感染主要是通过药物进行治疗。
对于支原体感染，临床属于性病的一种，具有一定的传染性。男性有支原体感染，一般需要在医生指导下使用药物进行治疗，常见的药物有阿奇霉素片、四环素片、罗红霉素片等，能够抑制微生物生长，缓解感染的现象。
同时，在此期间需注意避免进行性生活，防止出现交叉感染。
对于肺炎支原体感染的治疗，主要是使用敏感的药物进行抗感染治疗，如果规律的服用药物治疗后没有突出效果。就需要进行病原微生物培养和药敏试验，结合药敏试验的结果，选择敏感的药物进行治疗。
