口腔如果感染HPV可以口服一些药物进行治疗。如果是牙源性感染，应该及时治疗牙体，避免反复发作。如果是腺体感染，需要彩超检查，确诊后采取相应手术治疗。保持口腔卫生。
HPV感染在临床中比较多见，主要是由于免疫力低下造成，是导致生殖器癌，宫颈癌的常见病因，如果在怀孕期间的话，暂时只能观察，不能治疗，如果生产的话不建议顺产尖锐湿疣由人乳头瘤病毒引起，好发于外生殖器，肛门附近皮肤粘膜湿润处。
宫颈HPV的感染目前是比较关心题，因为现在知道宫颈癌是目前唯一一个可防可治的癌症，常见的检查为TCT检查，也就是液基细胞学的检查，以及HPV的检测，因为大部分的宫颈癌都是由于HPV的感染引起的，而且是持续的感染，才会导致宫颈发生病变。
如果诊断为hpv病毒感染，可以先激光做掉疣体，然后抗病毒治疗，有尖锐湿疣就需要清除疣体的，可以选择药物治疗，也可以选择物理治疗，如果没有疣体，可以用干扰素栓剂进行治疗，同时增强机体抵抗力。
HPV分为高危型和低危型，若HPV高危型感染，尤其是HPV16、18型感染，有可能发展为宫颈癌及癌前病变，如HPV低危型感染，则多发展为泌尿生殖道的疣，因此临床上一旦确诊宫颈感染了HPV，应同时行宫颈脱落细胞学检查。如果宫颈脱落细胞学检查为阳性，应该阴道上抗病毒的药物。如果阴道脱落细胞学检查为CIN2级或3级，应该行宫颈物理治疗或者宫颈锥切术。
