新生儿接种第二针乙肝疫苗可能在接种后24小时左右，接种部位会出现硬块发痒，红肿等症状，也有可能伴有不同程度的发热，恶心，食欲不振，腹痛，腹泻等。若持续高烧不退，应及时到医院就诊。
新生儿乙肝疫苗接种后会出现瘙痒、红肿或伴有轻度疼痛、小硬结，这是局部皮肤反应，全身反应，可以出现发热，多数为低热，也有少数出现高热，通常一天内消退。还有的出现疲劳感。
新生儿出生24小时内接种乙肝疫苗，常规的乙肝疫苗注射是016方案。
新生儿在出生24小时之内，要及时的接种第1针乙肝疫苗。如果出生24小时之后这种乙肝疫苗会影响到疫苗的预防效果。一个月和六个月的时候分别再注射后面的两针。若母亲是乙肝感染者，出生婴幼儿是低产儿、低体重儿在出生后更要加强一针，需分别在0、1、2、6个月注射乙肝疫苗。
乙肝疫苗是十分安全的疫苗，很少有出现不良反应，那么在不良反应当中比较常见的有发热出皮疹。这种不良反应往往是一过性，充分的休息好，大部分都会在48小时之内完全好转。有极少数的打了乙肝疫苗，可能会出现严重过敏的情况，需要进行规范的抗过敏治疗，以后也不能再接种乙肝疫苗。接种完乙肝疫苗之后，需要充分的休息，保持一个良好的睡眠。
为了有效的预防乙肝病毒的传染，乙肝疫苗的免疫接种纳入基础的接种范围以内，孩子出生以后，按照0-1-6月份的时间进行正规的疫苗接种。新生儿的母亲是乙肝病毒感染者，尤其是大三阳的患者，孩子出生以后，除了正规进行疫苗的接种，还需要使用乙肝高效价免疫球蛋白，一般在出生后24小时内尽早使用，然后在半个月以及一个月的时候，分别再次使用，可以有效的预防乙肝病毒的垂直传染的发生。
新生儿接种乙肝疫苗的时间为出生后24小时内接种第一次，然后分别在1月龄、6月龄的时候再次接种，共3次。乙肝疫苗接种同样有一定的禁忌证，如携带乙肝病毒、对疫苗的成分过敏、患有神经系统疾病、重度营养不良、先天性免疫功能缺陷、正在使用免疫抑制剂等人群禁止接种乙肝疫苗。