乙肝小三阳不仅无法自愈，目前也是无法治好的。这和乙肝病毒本身嗜肝性，泛嗜性，变异性以及cccDNA的特点有密切关系。如果没有临床症状，肝功能正常或者只是轻度异常升高，乙肝病毒DNA也在正常范围内，这就是乙肝病毒携带者，临床上是不需要进行治疗的。
有些人的乙肝小三阳是可以通过自己的免疫机能好转的，甚至有可能转阴的，不过这种人多属于个体异常，并不是身体强壮就一定会转阴的，有乙肝的时候要注意戒烟酒，少吃油腻食品，避免劳累，包括避免过度锻炼，并注意定期复查的，有异常的时候及时药物治疗。
乙肝小三阳在临床上自愈的几率是非常低的,实际上乙肝的自愈,主要与病人的机体免疫力和肝脏功能恢复情况有关。
乙肝小三阳自愈后，其表面抗原和E抗原会自行消除，说明患者体内没有乙肝病毒，所以不会再感染。乙肝小三阳自愈后，仍有相当数量的患者会出现乙型肝炎表面抗体，从而避免身体再次被乙肝病毒感染，但若无乙肝表面抗体者，则应进行乙肝疫苗接种，以防乙肝病毒再次感染。
乙肝小三阳的患者，想要彻底的自己转阴，几乎是不可能的事情，患者需要积极配合医生进行治疗。
有些三阳患者的乙肝表面抗体含量很高，可以通过使用干扰素进行抗病毒的药物，来提高乙肝表面抗体的转阴几率，如果是自发的，那么，乙肝表面抗体转成阴性，那么乙肝小三阳的几率就会降低到3%。乙肝小三阳患者的血清中的抗体含量一般都很高，从外表上看，患者的症状是非常平稳的，不需要任何的药物。不过，也有少数的乙肝小三阳患者，由于C区域的突变，导致肝功能异常，导致了体内的病毒含量升高。对于这一类的患者，需要给予相应的抗菌药物，同时要根据具体的病情进行相应的处理。
只有很少一部分人感染了乙肝小三阳后通过治疗可以转阴的，绝大多数病人都是不可以转阴的，只能服用抗病毒药物进行抗病毒治疗，维持乙肝小三阳现状，不让疾病更加严重。但是现在医疗技术发展很快，不久的将来很可能会实现让乙肝小三阳转阴的技术。