注射乙脑疫苗以后，在24小时之内，不能洗澡，保持局部皮肤干燥清洁，防止继发性感染。乙脑疫苗比较安全，仅有少数小儿会出现不良反应。注射乙脑疫苗后可出现发热，还可出现头痛、头晕、乏力、寒战等全身症状，也可出现腹痛、腹泻、呕吐等胃肠道症状。
疫苗接种前注意宝宝免疫抵抗力要好，近期没有感冒、发烧、过敏、腹泻、疱疹等系列疾病，患先天性免疫缺陷疾病、心脏病、肾炎、肝炎等不宜接种。接种后半小时留观，一天内不要洗澡，回家多喝水加速新陈代谢，接种的地方若出现硬结，不要过分担心，采用温湿毛巾热敷效果不错。
乙脑疫苗包括乙脑减毒活疫苗和乙脑灭活疫苗两种，两种疫苗的接种时间是有区别的。首先是乙脑灭活疫苗是国家规定基础免疫共注射两针，出生后满6个月的婴儿，开始接种第一针，7到10天后接种第二针，一岁半到两岁左右，以及四岁的时候，各加强一针，六岁的时候再加强一针。其次是乙脑减毒活疫苗是1岁的时候接种第一针，2岁时加强免疫一针，7岁时再加强免疫一针。
乙脑疫苗不良反应有发烧、头痛等。
接种乙脑疫苗后会出现发烧、头痛、头晕、乏力、寒战等全身症状，还有腹痛、腹泻、呕吐等胃肠道症状，一天之内就会自行消失。注射乙肝疫苗后可能会出现局部的不良反应，比如注射部位发红、肿胀、疼痛、皮温升高等，局部的副作用会持续几个小时。接种乙脑疫苗后，如果有副作用，应立即就医，如长期未缓解或加重，则应立即就医。
一般情况下，注射乙脑疫苗后会出现恶心、发热、肿块、局部微红等症状。有一些婴儿在24小时之内就会发烧，但是如果体温在38.5℃以上，就可以使用退烧剂了。如果体温在38.5摄氏度以下，可以选择物理降温，也可以贴退热贴。回到家里要给孩子多饮水，这样可以降温，加快身体的新陈代谢，防止发烧，家长应注意观察孩子的反应，如有不适，及时就诊。
孩子打完乙脑疫苗后发烧一般不会超过三天,乙脑疫苗作为外源性的致热源,可以引起机体发热,这种发热一般大部分孩子都是低热,很少有高热的,持续时间不超过三天,大部分孩子在一天左右。另外，乙脑疫苗接种后的不良反应还包括注射局部红肿、疼痛以及食欲不振、胃肠不适等消化道症状，一般持续3天左右就会自动消失。在生活当中也应当注意，不要过度的情绪激动，不要吃热性的食物，多吃蔬菜水果。