乙肝患者打干扰素的副作用最常见的是发热及流感样综合征，患者体重减轻、脱发、情绪激动，骨髓抑制致血细胞、血小板减少，轻度贫血，偶可发生神经系统损伤，影响内分泌系统功能，亦有产生干扰素抗体者。
乙肝打干扰素转阴概率是百分之五十，一般是长效干扰素。即在治疗过程中，一般是6个月，表面抗原低于1500IU/ml，这部分病人最终实现临床治愈的比例要明显升高，也就是乙肝能阴转。
乙肝干扰素通常需要打一年左右，但具体注射时间需要根据具体病情来判断。
乙肝打干扰素的疗程通常要看具体的情况。在注射干扰素的过程中，如果病毒的浓度降低的比较好，表面抗原的含量降低的比较好，一般打一年左右即可。如果一年之后，表面抗原的含量还在不断的降低，那么可以通过延长疗程来促使乙肝表面抗原的转阴，可以延长至72周-96周。但如果使用干扰素不起作用，可以在3个月后停止使用，可以服用核苷类的药物。
抗乙肝病毒治疗主要是核甘类抗病毒药和聚乙二醇干扰素为主。聚乙二醇干扰素治疗乙型肝炎具有双向免疫调节作用的优势，既可以降低乙型肝炎病毒载量，又可以增加血清转换率。但是，聚乙二醇干扰素的副作用比较多，常见的副作用是，初期会有流感样症候群的表现，可以导致白细胞和血小板降低。另外，常见的副作用还有对于患者情绪的改变，以及有高血压，糖尿病等，应该慎用。
在干扰素治疗期间，有转氨酶升高，可酌情增加检查次数。如果发现转氨酶急剧升高，应考虑减量，如仍有进行性的升高或胆红素升高应停药。可口服一些降酶药，但是需要在指导下服用药物。
乙肝干扰素需要打一年左右，乙肝干扰素的治疗疗程，需要结合实际情况来进行分析。如果打到一年的时候，表面抗原的水平依然在持续下降，这个时候可以适当的延长疗程，来追求乙肝表面抗原的转阴，可以延长到96周，或者是72周。
