新生儿接种乙肝疫苗的时间为出生后24小时内接种第一次，然后分别在1月龄、6月龄的时候再次接种，共3次。乙肝疫苗接种同样有一定的禁忌证，如携带乙肝病毒、对疫苗的成分过敏、患有神经系统疾病、重度营养不良、先天性免疫功能缺陷、正在使用免疫抑制剂等人群禁止接种乙肝疫苗。
新生儿的乙肝免疫球蛋白最好是在出生的时候就注射。
新生儿对乙肝病毒没有免疫力，需要主动免疫和被动免疫，乙肝免疫球蛋白是被动免疫，而乙肝疫苗是主动免疫。如果母体HBV-DNA、HBsAg、HBeAg均为阳性，则必须同时使用两种药物进行新生儿免疫。新生儿的HBV免疫球蛋白必须在出生后12个小时内立即进行。
乙肝疫苗第2针一般在满月后接种，但是如果孩子有异常情况，比如发热，黄疸，流涕，咳嗽，腹泻等症状时，是不能接种疫苗的，因为会使病情加重，对孩子的身体健康造成损害，此时应该延期，积极治疗疾病，直到病情完全恢复时进行接种。
新生儿第二针的乙肝疫苗常规是在宝宝满月以后打。乙肝疫苗的注射遵循着0，1，6的时间顺序，就是在出生时打第一针，宝宝1个月的时候打第二针，6个月的时候打第三针，三针完成乙肝疫苗的全程接种。
通常新生儿接种乙肝疫苗是按出生后24小时内，1个月和6个月来接种的。假设有特殊情况，比如湿疹，黄疸，感冒等，推迟几天也问题不大的。乙肝疫苗是一种减毒活疫苗，注射后可以产生抗体，保护人体免受乙肝病毒感染。
正常足月出生的新生儿，生后24小时内要接种乙肝疫苗第一针；一个月龄时要接种乙肝疫苗第二针；六个月龄时要接种乙肝疫苗第三针；每次五微克。如果母亲是乙肝病毒携带者，生后六个小时之内要肌内注射高价乙肝免疫球蛋白100-200IU，同时更换部位注射乙肝疫苗10微克。如果母亲乙肝DNA定量阳性，那生后半个月的时候，要重复注射相同剂量的乙肝免疫球蛋白一次。