小三阳自然转阴的概率，每年有大约1%的小三阳能自发转阴，和个人独特的免疫力有关。有一部分小三阳，在治疗之后，转阴的概率会相对来说大一些，其中以一些对症药物的转阴概率最大，其次最后是恩替卡韦和替诺福韦。但是总体上来说，吃药后小三阳转阴的概率，其次是拉米夫定和替比夫定，最后是恩替卡韦和替诺福韦。也仅仅是提高到不超过5%。
所谓乙肝小三阳自然转阴，就是指不使用任何药物治疗，依靠感染者自身的免疫功能将乙肝小三阳转阴。不管是乙肝小三阳还是乙肝大三阳转阴的机率都是很小的。当然自然转阴也有可能。不过这样的状况很少见。
母亲有小三阳，孩子出生的第一天就需要接种已肝疫苗和乙肝免疫球蛋白的，乙肝疫苗需要打完三针一个疗程，要注意时间去医院把一个疗程的针打完，尽量不要让孩子吃自己妈妈的母乳。
具有一定的自然转阴的概率，目前没有明确的统计数据。通常认为这种概率比较小，大多数都表现为一个长期的慢性的感染。它的病情是否稳定以及是否能够转阴，还是根据个人的情况，主要包括生活方式以及个人抵抗力有很大的关系。
小三阳自然转阴的可能性非常小。自然转阴，就是说不依靠药物治疗，单纯依靠自身的免疫机制来实现消除病毒的目的。一般的乙肝小三阳到后期都会发展成慢性乙肝病毒携带者。需要到医院定期复查自己的DNA以及肝功指标。以便了解自己的身体情况，做好对症治疗。
小三阳，如果表面抗原自然转阴，说明病毒完全从体内清除，疾病完全恢复，是不会在复发的。如果单纯乙肝病毒DNA转阴，乙肝表面抗原仍然阳性，不能除外体内有微量乙肝病毒，是有复发可能的。