碎石对于肾也是存在有一定的创伤，但相对比手术创伤会小的很多，激光碎石只要方法运用得当，掌握得当，不会对肾造成多大的伤害，如果对于体积较大较复杂的结石，可能需要多次治疗后，肾会有一定的损伤。
肾结石使用体外冲击波碎石时，对肾脏存在轻微的伤害，所以不能长时间进行体外冲击波碎石，否则可能会引起肾单位缺失或者肾脏纤维化，甚至造成肾功能衰竭等。在碎石的频率上不能过于时间集中的进行碎石，至少要间隔7天以后才能进行第2次碎石，而且反复碎石的频率从原则上尽量不要超过4次，如果碎石超过4次以上结石没有任何变化，不建议再继续碎石，建议采用其它方式。
碎石对肾脏有一定的伤害，但是伤害都比较小，碎石几乎都会出现肉眼的血尿，血量的多少与碎石所用的能量成正比，还与患者局部毛细血管的脆性有关，正常一般都是2-3次血尿，严重的患者2-3天之后血尿也会自行消失。
激光碎石是对肾脏危害最小的手术方式。碎石包括体外碎石和体内碎石，激光的穿透度有限，在碎石过程中，除了对局部非常近的组织有热辐射以外，没有其它的损伤，碎石比较安全。
体外碎石主要是利用体外冲击波，对体内结石进行碎石的效果，一般是利用冲击波原理将结石击碎。体外碎石一般对肾脏的伤害是不大的，因为冲击波一般对身体的伤害也不大，体外冲击波碎石的治疗次数不要超过3-5次。由于肾组织戳伤修复所需要的时间大致在两周左右，因此连续两次应用体外冲击波治疗肾结石的间隔时间应在10-14天。
会，震波碎石是指体外冲击波碎石术，是在体外利用超声波将结石震碎。由于结石与肾脏的密度不同，超声波遇到结石后就会释放能量将结石碎开。理论上体外冲击波碎石是精准碎石，对肾脏损害很小。但由于体外碎石机质量参差不齐，质量较差的碎石机做不到精准碎石，会对肾脏产生损害。