病因治疗，去除肾积水病因，保留肾患，手术方法取决于病因的性质，例如先天性肾盂输尿管连接部狭窄可作肾盂成形术，肾，输尿管结石可行碎石或取石术，这些手术近年可用内腔镜进行；U100钕激光碎石，它通过仪器发出红绿两种波长的脉冲激光，精准定位结石后，安全高效地击碎结石，取石篮自动跟进取石并冲洗，该激光发出的是非灼热性的波段，只针对结石有击碎效果，从而最大程度地护了结石周围的细胞和其他软组织。
肾造瘘术，若肾积水病因不去除时，应在梗阻以上先行引流，待感染控制后，再施行去除病因的手术。梗阻原因不能解除时，肾造瘘则作为治疗措施。开放手术取石术，目前开放手术只适合很少一部分病人，如无功能结石性脓肾、结石合并癌症，或微创技术治疗无效者。
体外冲击波碎石治疗，体外冲击波碎石是利用体外冲击波聚焦后击碎体内的结石，使之随尿液排出体外。优点是不需麻醉、不需手术。经皮肾镜取石术，是通过经皮肾穿刺造瘘所创建的通道，经X线荧光透视监控，在内腔肾镜直视下借助碎石和取石器械达到去除结石，解除梗阻的一种技术和治疗手段。
肾切除术，肾积水严重，剩余的肾实质过少，或伴有严重感染即肾积脓时的患者，如对侧肾功能良好，可切除病肾；冲击波体外碎石，根据结石大小，电脑自动跟踪结石精确定位，利用超声波的冲击，将结石击成粉末或小米粒状，随尿液排出体外。
保守治疗，服用一些活血通络、除湿的、抗生素类等药物来进行缓解这种症状。手术治疗，对于比较严重的肾积水致患侧肾功能全部丧失或有严重感染积脓，但对侧肾功能良好，可行患肾切除术。