肾切除术，肾积水严重，剩余的肾实质过少，或伴有严重感染即肾积脓时的患者，如对侧肾功能良好，可切除病肾；冲击波体外碎石，根据结石大小，电脑自动跟踪结石精确定位，利用超声波的冲击，将结石击成粉末或小米粒状，随尿液排出体外。
肾积水较轻，病情进展缓慢，肾功能已达平衡和稳定状态可观察，但应定期检查了解积水进展情况。可自行解除的梗阻，如孕妇生理性肾积水。肾积水进行性加重，临床症状明显，肾功能不断下降，梗阻病因明确，有并发症存在，应手术治疗。
可以采用药物、手术等方法进行综合治疗。针对病因、梗阻严重程度及对侧肾功能等选择不同治疗方案。肾积水多因上尿路梗阻性疾病导致，如肾盂输尿管连接部狭窄、结石等。其也可由长期的下尿路梗阻性疾病导致，如前列腺增生、神经源性膀胱功能障碍等。
出现肾积水之后，应到做穿刺治疗，这样可以帮助更好的治疗，引发肾积水的期间，更应该注意做好消炎措施，这个期间还应该注意保持饮食的清淡，而且应该注意做好滋补养生的工作，这样可以防止造成病情加重，也可以防止造成其他影响。
肾积水主要的治疗是解除肾积水，不然长期积水容易引起肾实质受压，而导致肾功能减退，甚至肾衰竭而进入尿毒症期。要明确病因，常见的泌尿系结石或肿瘤引起的梗阻，还有前列腺增生引起的梗阻。治疗上要祛除病因，结石引起的通过排石，手术等治疗，肿瘤引起需要手术切除。
病因治疗，去除肾积水病因，保留肾患，手术方法取决于病因的性质，例如先天性肾盂输尿管连接部狭窄可作肾盂成形术，肾，输尿管结石可行碎石或取石术，这些手术近年可用内腔镜进行；U100钕激光碎石，它通过仪器发出红绿两种波长的脉冲激光，精准定位结石后，安全高效地击碎结石，取石篮自动跟进取石并冲洗，该激光发出的是非灼热性的波段，只针对结石有击碎效果，从而最大程度地护了结石周围的细胞和其他软组织。